南京大学现代工程与应用科学学院[1]从2009年开始筹建，2009年12月30日挂牌，2011年5月，工学院大楼（镇江楼）在仙林校区奠基。工学院将以南京大学物理、化学、材料等物质科学学科为基础，以南京微结构国家实验室（筹）为重要依托，抓住新产业革命的历史机遇，针对国家需求和学科前沿，针对国家目标和地方经济建设需求，扬长避短，发展现代工程技术，尽快占领新一代朝阳产业的“制高点”，发展具有鲜明特色、面向未来的新型工程与应用科学学科。 2011年10月10日上午，南京大学现代工程与应用科学学院全面启动，标志着学校在现代工程学科发展迈开新的一步，在南大发展史上揭开崭新一页。
2012年5月20日，南京大学举行第四届校董会第四次会议暨110周年校庆捐赠仪式，南大历史系教授、著名企业家杨休为母校捐出4亿元，其中3亿用于建设现代工程与应用科学学院，[2]支持现代工程与应用科学学院的发展，培养中国当代发展需要的现代工程师。
学院简介南京大学现代工程与应用科学学院是在南京大学材料科学与工程系的基础上组建成立的，于2009年12月30日正式挂牌成立。
南京大学现代工程与应用科学学院以南京大学物理、化学、材料等物质科学学科为基础，以筹建中的南京微结构国家实验室为重要依托，针对国家需求和学科前沿，抢占新一代朝阳产业发展的制高点，发展具有南大特色的新型工程学科；通过长期不懈努力，把南京大学现代工程与应用科学学院建设成为国内领先，具有国际影响的一流人才培养基地、现代在工程研究基地、应用成果开发基地。
目前南京大学现代工程学院已经正式进入全面建设的发展阶段,学院将面向国家重大需求和江苏发展战略新兴产业的需要，确立“以理为基础、工为方向、理工融合，发展现代工程学科”的道路，围绕新材料、新能源、信息产业、生物技术等应用领域开展学科建设、人才培养和服务社会的工作。学院建立四个有特色的专业系科：材料科学与工程系、量子电子学与光学工程系、清洁能源科学与工程系以及生物医学与工程系。学院还成立了一批交叉学科或专业性研究开发中心, 如南京大学再生能源与环境研究中心，南京大学光伏工程研究中心，南京大学光学与光学工程研究中心, 南京大学－南通新材料技术研究院，南京大学－宿迁涂层材料研究室等。 学院还与一些高技术企业，如海力士（中国）半导体公司、Rohmhass公司建立了合作研究和人才培养的密切联系。
目前学院已拥有材料物理与化学二级国家重点学科，材料科学与工程江苏省一级重点学科；拥有一个“基金委创新团队” 和两个“教育部创新团队”；拥有材料科学与工程、光学工程两个国家一级学科博士点；拥有材料工程、光学工程两个工程硕士学位授予权；拥有材料物理、材料化学、再生能源、光电信息工程四个本科专业, 形成了从本科生至博士后完整的人才培养体系。学院每年向国家和江苏输送近200名基础好, 具有创新能力的毕业生, 其中本科毕业生120名，博士和硕士研究生70名，毕业生的就业率接近100%。