自动化科学与工程学院成立于2002年1月，其前身为1961年原华南工学院成立的自动化系。学院办公楼本学院实行院系二级管理，设有两个系(控制与信息工程系、自动化与网络工程系)，三个中心(自动化教学实验中心、控制与优化中心、脑机接口与脑信息处理研究中心)，一个系统工程研究所。
目前学院有一级学科博士学位授权点1个：控制科学与工程。二级学科专业博士点4个：控制理论与控制工程、系统工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置。二级学科专业硕士点5个：控制理论与控制工程、系统工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置、系统分析与集成。博士后流动站1个：控制科学与工程博士后流动站。一个全日制专业学位硕士点。控制理论与控制工程学科近三届连续被评为广东省重点学科。控制界著名的学术刊物《控制理论与应用》编辑部也设在本学院。
学院现有教职员工100人，专任教师75人，其中有：双聘院士2名，“千人计划”教授1名，长江学者2名，国家杰青3名，珠江学者1名。教授22人(博士生导师19人)、副教授27人、高级工程师2人。教师中具有博士学位者占教师总数的92%，形成了一支老中青相结合的学术梯队，拥有一批学术水平高，在国内外享有较高声望的著名学者。此外学院聘请了海内外著名专家16人担任顾问和兼职教授，其中两院院士7人，IEEE Fellow 6人。
在科学研究方面，近年来先后承担了多项国家杰出青年科学基金项目、国家自然科学基金重点项目，国家973计划项目，科技部“863”计划项目、国防科工局项目，大批教育部、广东省科技厅、广东省自然科学基金、广东省教育厅等纵向科研项目及与企业合作的横向项目。获得多项国家自然科学奖、广东省科学技术奖、教育部高校科研优秀成果奖，授权发明专利、实用新型专利、软件版权共60项。近三年承担各类科研项目合同总经费达9000多万。近三年发表论文数1260篇(其中收入三大索引407篇)。出版学术专著13部(其中英文专著9部)。
40多年来，为国家培养了本科生5000多人，专科生600多人，硕士生1000多人，博士生200多人，博士后近20人。毕业学生在各自的岗位上，为国家的四化建设做出了卓越的贡献。在国家和广东省“211工程”与“985工程”建设经费的投入下，建设了设备先进的自动化基础教学实验中心和富有自身特色的专业实验室创新基地。