济宁医学院前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，设医士、护士两个专业；1958年更名为济宁医学院，设医疗专业，招收四年制本科和三年制专科生;1959年全国院系调整改为济宁医学专科学校;1987年1月，经原国家教委批准，重新定名为济宁医学院，1997年以优异成绩通过了教育部本科教学合格评价。
学校现有8个二级学院：临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、信息工程学院、药学院、管理学院；开设临床医学、预防医学、精神病与精神卫生、护理学、药学、药物制剂、口腔医学、中西医临床医学、医学检验（卫生检验方向）、计算机科学与技术、信息管理与信息系统（医学信息方向）、应用心理学、人力资源管理（医药卫生方向）、劳动与社会保障（医疗保险方向）、市场营销（医药营销方向）等15个本科专业。现有省级重点学科4个：病理学与病理生理学、神经病学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学；省级特色专业1个：预防医学；省级教学改革试点专业1个：临床医学。
学校现有教职工1086人，专任教师706人，其中教授64人，副教授184人；具有硕士以上学位教师356人，占专任教师的50.42％。教师队伍中，有全国优秀教师6人，全国“五一”劳动奖章获得者1人，享受政府特殊津贴专家6人，山东省高校十大优秀教师1人，山东省教学名师2人，山东省优秀教师2人，山东省有突出贡献的中青年专家2人，山东省中青年学术骨干、学科带头人培养对象15人，济宁市科技功臣1人，济宁市劳动模范5人，济宁市有突出贡献专家3人。基础医学教学团队被评为山东省高等学校省级教学团队。另外，聘任校外教师352人。
学校现有济宁和日照两个校区，占地总面积1124562平方米（1686亩），教学行政用房面积213862平方米，学生宿舍面积95462平方米，教学科研仪器设备总值9008万元，多媒体教室座位14629个，教学用计算机2238台，馆藏图书总量为157.7万册（含电子图书61万册）。学校拥有102个实践教学基地,其中直属附属医院1所，非直属附属医院9所。
学校面向全国14个省（市、自治区）招生，现有全日制本专科在校生13039人，其中本科生11492人，专科生1547人。近三届毕业生年底就业率平均为88.89%。建校55年来，共为国家培养了4万多名医药卫生专业技术人才。
在近两次教学成果评选中，学校共获得国家级教学成果二等奖2项，省级教学成果奖8项,其中一等奖3项；现有省级精品课程4门，省级教学改革试点课程4门，山东省普通高等学校实验教学示范中心1个；“十五”以来，主参编教材105部，其中主编教育部普通高等教育“十一五”国家级规划教材3部，高等院校规划教材5部；学生在“挑战杯”科技竞赛活动中，共有24项作品90人次获得省级以上奖励。
