1896年，交通大学的前身南洋公学创立，从1898年4月招收第一届师范生起，开设了数学课。
教学工作数学系坚持“把握主流，做强基础，做大应用，注重交叉，发展特色”的办学思路，构建起了具有交大特色的数学课程的教学体系。目前拥有国家级精品课程2门（ “数学实验”、“高等数学”），上海市精品课程4门（ “高等数学”、“数学实验”、 “数学分析”、“线性代数”）。2005年以来获国家优秀教学成果二等奖1项；获得上海市优秀教学成果一等奖3项，二等奖2项，三等奖1项。现设有6个教研室、1个实验室，设有数学博士后流动站，具有数学一级学科博士学位授予权，目前在基础数学、应用数学、计算数学和概率统计四个二级学科招收博士研究生；6个硕士点（其中包括1个系统科学硕士点）；拥有教育部国家工科数学教学示范基地，在2004年全国工科数学教学基地验收评比中取得第二名的优异成绩，2007年工科数学基地教学团队入选国家级教学团队。
师资力量数学系现有教职员工109人。其中讲席教授3名，教授23名，副教授44名，外聘院士1名（兼职），“千人计划”国家特聘专家1名，“杰出青年基金”获得者4名，“长江学者”特聘教授2名。首届高校优秀青年教师教学科研奖励计划获得者2名；教育部跨世纪人才1名，教育部新世纪人才5名。具有博士学位的教师占80%。2006年乐经良教授被评为国家级教学名师，2007年沈灏教授被评为上海市教学名师。
科学合作数学系现有2个研究所（数学科学研究所、复杂系统研究所），科研工作取得丰硕成果。截止到2009年底，数学系连续第4年国家自然基金资助率居全校第一；在数理学部2009年申请到的项目数在全国高校中名列前茅。我系与美国数学研究所共同主办的国际性数学杂志Communications on Pure and Applied Analysis，自2009年起成为SCI收录期刊。目前数学系高层次学术交流活跃。有7位教师担任国际学术期刊主编或编委，获得教育部提名国家科技进步奖自然科学奖一等奖1项；与胜利油田、上海市航天研究所、上海交通大学Bio-X研究中心、生命学院、机动学院等建立了较稳定的合作关系。
系委员会系咨询委员会召集人：王亚光
学术报告组织委员会召集人：李红泽
图书资料管理委员会召集人：李红泽
专业数学本科课程建设委员会召集人：黄建国
面上数学本科课程建设委员会召集人：黄建国
本科生招生工作协调小组集人：黄建国
专业数学研究生课程建设委员会召集人：李亚纯
面上数学研究生课程建设委员会召集人：李亚纯
研究生招生工作协调小组集人：李亚纯