南华学院创设于香港，发展于今梅州市梅县区。学院于1938秋始创于香港，是年10月8日在香港借用培德中学校址招生开学。11月，由香港迁至九龙城狮子石道。
南华学院创设地南华学院创办人、院长钟鲁斋（今梅州市梅县区三乡石楼村人），与其同学曾友豪博士在香港创办起南华学院后，就筹谋在教育发达的梅州侨乡设校，当时国民政府教育部亦有国人办大学应设于国内的规定。1939年夏，钟鲁斋亲赴南洋印尼椰城、爪哇等地发动华侨筹资办学，宣传华侨教育之改进，阐述在梅州设立大学之必要，立即得到印尼雅加达中华商会会长兼筹赈会主席、侨界巨子丘元荣（今梅州市梅县区雁洋长教村人），及热心桑梓教育的广大华侨的广泛支持和大力协助。当时，该校（指港校）加聘了华侨界知名人士傅可英、丘问谷、廖楚詹等人为校董。1939年8月，钟鲁斋由印尼返港，其时已奉国民政府教育部令准设正校于梅州，钟鲁斋乃电聘卢辉荪、龚伯仑和时任民国政府t梅县（今梅县区）县长梁国材（今梅州市梅县区松口人）等人为校务委员。9月，原设香港的南华学院迁来梅县（今梅县区），在梅城郊外古田林屋租用民房正式招生开学，学生除来自本省外，还有来自江西、福建等地。1940年春，南华学院又由古田迁至附城锦江亭侧欧阳氏大厦上课。并奉梅县（今梅县区）县政府令准划出城北教溪口西岩及北岩（今梅县区华侨中学地址）一带占地面积约千亩左右建新校舍，是年9月，即开始动工兴建校舍。11月，学院奉教育部指令准予立案。1942年，即迁城北教溪口新校上课。
1941年4月，学院改聘校董会，推举胡文虎（福建籍客属著名侨领）、丘元荣为正副董事长，南华学院形成了以著名侨领为核心的校董会。旋奉教育部令，港方大学部迁回梅州，与梅州正校合并，时全校师生共有200余人。
1945年8月，抗战胜利后，南华学院由梅县（今梅县区）迁设汕头，时香港九龙原址及梅县（今梅县区）校址则设立附属中学，各有学生400多人；学院迁往汕头后，学生增至500多人。
南华学院的教学实行导师制，对学生注重文化知识和思想修养的教育。开办之初，设理工科与商科。理工科分设心理学、地理、数学、物理、化学、地质、建筑工程学七个系；商科分设商学、经济两个系。后增设文科文史系、商科会计系。为办好学校，1941年4月，钟鲁斋偕同副董事长丘元荣由香港飞抵重庆，将办学计划面陈国民文化之乡教育部长。是年9月，即奉教育部令，改新定学系，设文史、数理、化学、商学、会计五个系。迁往汕头办校后，该院分设文、商、农三科。文科分文学、史学两个系；商科设商学系；农科设农业经济系。