1893年德国医生埃里希·宝隆（Dr. Erics Paulum）来到上海，在德国总
同济大学掠影(16张)领事馆附近开一诊所。后来，他与在上海的几名德国医生成立了“德医公会”。八国联军侵华时，德国运来大批医疗设备，聘请当时在上海负有盛名的宝隆医师，协助在沪成立了伤兵医院。德军归国时，为感谢宝隆，将伤兵医院的医疗设备悉数赠送给宝隆。1900年，宝隆在德国驻沪总领事克纳佩（Wilhelm Knappe）的支持下，在张家浜新马路旁开办了有20张床位的医院。由中德双方出资，取名“同济医院”，宝隆任院长。1904年初，克纳佩在柏林与德国外交部、普鲁士文化部的代表以及柏林大学东方语言部主任进行了会谈。在谈到在中国推行德国教育政策时，克纳佩提出了在上海开办德国医科学校的计划。
1905年，德国外交部、普鲁士文化部就在上海开办德国医科学校一事达成共识。普鲁士文化部教育司司长阿尔特霍夫（Althoff）建立了“促进德国与外国精神文化关系科佩尔（Koppel）基金会”。该基金会直接受文化部监督，它的董事会主席是商务顾问科佩尔。科佩尔基金会不仅负责筹集钱款，而且对外以学校创办者的面目出现。
1907年3月，科佩尔基金会、促进在华德国文化工作委员会、上海德医公会和同济医院4方，在柏林签署了由普鲁士文化部起草的关于在上海建立德国医科学校的协定；1907年6月3日，“德文医学堂”董事会正式成立，董事会由18人组成。
1907年10月1日，医学堂举行了开学典礼，取名为“德文医学堂”。
1908年，“德文医学堂”改名为“同济德文医学堂”。“同济”当时寓意德国人与中国人同舟共济，“同济”二字从德语“Deutsch(德意志）”在上海话的谐音而来，意蕴合作共济。
1909年，宝隆博士因病于3月5日在上海逝世。上海德医公会元老福沙伯博士接任同济德文医学堂总监督兼总理。校董们为学校取名“同济”，意蕴和衷共济，希望用现代医学造福人类。
1912年，同济德文医学堂增设工科，更名为“同济医工学堂”，设医、工和德文三科。由校董事会筹措办学经费，由福沙伯全面领导学堂。当年，医正科三级学生张近枢、何理中、江逢治3人，按照德国大学医科考试规则参加学堂的第一次毕业考试，均顺利通过，如期毕业。他们是同济历史上的第一届毕业生。
1917年第一次世界大战进入尾声，1917年2月美国宣布与德国断交
国家诸位领导题词(24张)，不久对德宣战。上海法租界以同济医工学堂是德国的产业，为防止德国人利用该校机械制造武器为由，当众宣布解散学校，并限令师生当日离校。为此，社会各界联名致电教育部，请设法对同济学生作善后安排。教育部马上派人商议，把学校迁到吴淞镇，继续开学上课。1917年4月23日，教育部下令学堂改属华人私立学校，由华人董事会办学，直属教育部领导。同年12月，更名为私立同济医工专门学校。