上海海洋大学前身是建于1912年的江苏省立水产学校，1952年成为国内第一所本科水产高校——上海水产学院，1985年更名为上海水产大学，2008年经教育部批准更名为上海海洋大学。学校原为农业部部属高校，2000年起由农业部划转地方，由中央和地方共建，以上海市管理为主。2010年上海市人民政府与国家海洋局签署协议共建上海海洋大学;2011年，上海市人民政府与国家农业部联合发文共建上海海洋大学。学校校训：勤朴忠实。
学校目前有浦东新区沪城环路校区、杨浦区军工路校区、杨浦区民星路校区3个校区，根据上海高校布局结构调整规划，学校于2008年整体搬迁至上海临港新城办学，主校区沪城环路校区占地约1600余亩，规划建设面积58.6万平方米。此外，在上海市浦东新区和浙江省象山县建有2个科研教学基地。
学校办学条件优良，教学实验室和专业实验室设施齐备。拥有国家远洋渔业工程技术研究中心、国家水产实验教学示范中心;拥有教育部水产种质资源创新与利用重点实验室、大洋渔业资源可持续开发省部共建重点实验室等2个教育部重点实验室;拥有淡水水产种质资源与利用、水产品贮藏保鲜风险评估等2个农业部重点实验室;拥有国家水生动物病原库、团头鲂遗传育种中心、鱼类营养与环境生态研究中心、中国渔业发展战略研究中心、淡水水产品加工技术研发分中心、冷库及制冷设备质量监督检验检测中心、远洋渔业培训中心等7个农业部重点基地平台;有4个上海市工程技术研究中心，1个上海市高校重点实验室、1个上海高校工程技术研究中心、1个上海高校水产养殖E-研究院等;建有海洋捕捞协同创新中心及一批特色专业实验室，如中美(SHOU-NOAA)海洋遥感及渔业信息研究中心、淡水鱼加工利用研究室等。
学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，下设数字海洋研究所、海洋药物系统及神经科学研究所、海洋药物与健康食品研究所、海洋政策与法律研究所，海洋渔业遥感GIS技术实验室、海洋生态系统与环境实验室、中美海洋遥感及渔业信息研究中心、海洋经济研究中心、海洋文化研究中心;学校还建有农业研究院、公共管理研究所、中国鱼文化研究所、外国语言研究所及博物馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室、标本室，同时学校在全国各地有50多个教学实践基地。图书馆藏有以海洋、水产、食品为特色的图书、电子书籍260多万册。拥有现代化的校园网络，并建有服务我国水产行业的中国水产网。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》被列为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊，《水产学报》获第一、二届“百种中国杰出学术期刊”称号。学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。