信息安全工程学院始终坚持开放式的、与国内外有关单位广泛协作和联合办学的指导思想，以培养在国际学术界有一定地位、在国内产业界有影响的信息安全方面的专业技术型和管理型高级人才，形成国际国内知名的、紧跟世界信息安全最新发展趋势的前沿应用基础研究科研基地为办学目标，目前已初步形成独具特色的学科建设和人才培养模式，在教学、科研和学科建设等方面取得了长足的发展，成为我国高等院校中一个多方向、多层次、结构合理的研究基地和教学基地。截止目前，信息安全工程学院拥有专职和兼职教授、副教授60多人，其中工程院院士2人(兼职)。学院同时还拥有200多名的博士、硕士研究生构成的研究团队。近几年中，信息安全工程学院先后取得了一系列重要科研成果，包括：科研发明专利16项，核心期刊论文近200篇，参与国家的信息安全标准制定和法规建设等。学院在国际学术交流、技术合作等方面也有许多进展，目前已经与国内外许多著名大学和企业建立了战略合作伙伴关系。
教学师资目前，信息安全工程学院拥有教授、副教授28 人，聘请了包括何德全院士等20 余名国内外著名的信息安全专家为兼职教授，讲师30 名。入选教育部新世纪优秀人才2 名，上海市育才奖获得者1 名。在教育部“质量工程”支持下，学院建设了“信息安全特色专业”和“创新人才培养实验区”，拥有“精品课程”4 门，出版信息安全专业系列教材18 部。
行政机构信息安全工程学院综合办公室是学院的信息枢纽，对外交流的窗口， 传递信息的中枢，领导决策的外脑和处理日常事务的手足。综合办公室下设行政办，教务办，学生办，具体职责如下：
行政办：负责学院的财务和科研项目管理；组织人事事务；师资队伍建设；各类书报文件的收发；资产和实验室管理。
教务办：负责学院所有学生的学籍管理；课程设置；教学计划安排；任课教师课程安排及管理；教材建设；教学文件的制定和管理。
学生办：负责全院所有学生的学生事务工作；帮困和勤工助学工作；学生党团工作和政治思想教育；学生就业及生涯指导；学生科创活动组织；学生校园文化建设等工作。
科学研究信息安全是一个综合性交叉学科领域，广泛涉及通信、密码学、计算机科学、通信学科、数学、自动控制、人工智能、系统工程、法律、管理等诸多学科。学院先后承担多项国家军事科研项目、国家信息安全应用示范工程（S219 项目）、自然科学基金项目、国家863 项目等40 余项，申请发明专利60 余项，发表SCI/EI 论文300 多篇，参与国家信息安全标准制定和法规建设等。学院与国内外许多著名大学和企业建立了战略合作伙伴关系，如美国卡耐基梅隆大学、法国巴黎综合理工学院等，与国际一流信息安全企业，如美国WatchGuard 公司等建立了联合实验室。