温州医科大学基础医学院在温州医学院成立初由基础医学教研室组成，1984年学校正式成立基础部，2000年院系调整，组建基础学院，之后经过一系列改革，于2005年正式命名为基础医学院，实行基础医学院建制。
学院设法医系及8个教研室；2个教学中心（机能实验中心、基础医学实验中心）和法医学专业实验室；4个研究所（分子病毒与免疫学研究所、食源性疾病安全研究所、低氧医学研究所、生物支架移植与免疫研究所）。
学院有教职员工122人，专业教师及实验技术人员112人（含学院领导、师政系列共5人），其中：专任教师97人（含：教授16人，副教授30人，讲师46人，副高以上职称比例为47.42%；具有博士学位者26人（另有在读博士17人），硕士学位者48人，研究生学位比例为76.28%）；实验系列专技人员15人（含：高级实验师4人，副高以上职称比例为26.67%；具有硕士学位者6人，研究生学位比例为40.00%），总副高以上职称比例为44.64%，总研究生学位比例为71.43%。
教学科研学院于1980年代开始招收基础医学硕士研究生，现有一级学科（基础医学）硕士点1个，二级学科硕士点9个（病理学与病理生理学、病原生物学、免疫学、人体解剖学与组织胚胎学、生理学、核医学、法医学、放射医学、医学生物化学）；已培养全日制研究生60人，在校全日制研究生58人。学院于2002年开始招收法医学五年制本科生，为浙江省内唯一设立该专业的学院。
在院领导及全院教职工的共同努力下，学院教学、科研工作发展迅速。有省级精品课程5门（《医学微生物与免疫学》、《组织学与胚胎学》、《病理生理学》、《Systemic Anatomy》、《医学机能学》）；有市级精品课程5门（《人体解剖学》（高职）、《生物化学》、《病原生物学（专科）》、《人体断层解剖学》、《系统解剖学》）；有校级精品课程4门（《生理学》、《寄生虫学》、《核医学》、《法医病理学》）；目前基础医学院主干课程均已成为校级以上精品课程。学院现有浙江省重点建设教材5部，主编人卫规划教材1部（成人教育），高教规划教材3部。
基础医学为浙江省级重点学科，生理学为浙江省高校重点学科（A类）、病原生物学为温州市重点学科。学院现有在研国家自然科学基金、973子项目等国家级课题8项、省自然科学基金等省部级科研项目27项，每年新增科研纵向经费约260余万。
经过50年的发展，基础医学院拥有了先进的教学设施、雄厚的科研和师资力量，已成为浙江省法医学人才培养的主要基地和基础医学教学、科研的重要基地。