经过几代学者的努力耕耘，食品工程系不断发展壮大。2006年6月食品工程系更名为食品工程学院，并拥有食品科学与工程、食品质量与安全、制冷与空调、建筑环境与设备工程四个本科专业。2000年水产品加工及贮藏工程二级学科获批硕士点专业招生，2005年食品科学二级学科获批硕士点专业招生，2010年食品科学与工程一级学科获批，同时学院成立了农产品加工及贮藏工程二级学科。食品科学与工程一级学科、水产品加工及贮藏工程二级学科与食品科学二级学科为校级重点学科。
学院经过多年的师资队伍建设，目前已经形成一支学历和年龄结构合理、学缘构成丰富、教学科研能力强、极具敬业精神和创新意识的高素质师资队伍。学院现有教职工22人，其中教授4人，副教授6人，具有博士学位的教师10人，具有硕士学位的11人。硕士生导师18人（兼职导师6人），博士生导师2人，享受国务院津贴的专家1人，享受市政府特殊津贴的专家1人，辽宁省“百千万人才工程”百人层次1人，千人层次1人，还有1人于2009年被大连市授予“2006-2008年度大连市优秀发明家”。学院重视学术交流，积极选派教师出国进修或合作研究，邀请国内外专家学者来访、讲学，现有师资梯队中有8人在国外学习交流半年以上或取得学位。
2011年经过全校专业调整，学院更名为食品科学与工程学院，现有2个本科专业，3个硕士专业，拥有辽宁省水产品加工及综合利用重点开放实验室，国家海藻加工研究开发分中心，辽宁省水产品分析检测综合技术服务中心，大连市海洋生物资源综合利用及加工技术工程实验室等。近些年来，学院以水产品加工及综合利用重点开放实验室与国家海藻加工研究开发分中心的建设与发展为契机，以水产品加工及综合利用为特色，加强了学科梯队的建设与培养，加大了科研研究力度，提升了本科生、研究生的培养质量。近五年来，学院主持承担项目61项，其中国家级项目10项、省部级项目22项、市级项目8项，共引入科研经费1750余万元。学院获得辽宁省科技进步一等奖一项，辽宁省技术发明三等奖一项，大连市科技进步二等奖一项，“2006-2008年度大连市优秀发明创新项目”一项，其他技术发明等奖项5项。
多年来，学院与大连海青水产有限公司、大连獐子岛渔业集团股份有限公司，深圳联合水产发展有限公司，大连理想食品有限公司，大连新海洋食品有限公司，中联食品（大连）有限公司，辽宁省大连海洋渔业集团等食品相关知名企业合作共建的实践基地，为实践教学提供良好的平台。学院在国内相关学科领域的影响力不断提升。