渊源
东吴大学的渊源可以追溯到监理会在苏州和上海开办的几所学校。1871年，美国基督教监理会（监理会于1939年与美以美会合并改名为卫理公会）在苏州十全街设立存养书院，1879年迁至天赐庄，并改名博习书院（TheBuffingtonInstitute）。后并入上海中西书院（theAnglo-ChineseCollege，1882年创办）。
东吴大学实际上是在苏州的宫巷中西书院的基础上发展而成的。1895年，中国在甲午战争中惨败，激发了年轻人学习西方知识的热情。1896年，苏州监理会宫巷教堂牧师孙乐文（D.L.Anderson）为回应一群年轻的中国学者学习英语的要求，在苏州开办了宫巷中西书院（KungHangSchool），第一批学生有25人。到1898年11月，学生已超过100人。
创办
1899年，监理会决定在苏州开办一所大学。1900年12月该校董事会在上海组成，孙乐文被选举为新大学的首任校长。新大学取名为东吴大学堂，当时成立文理，医和神学三科，辛亥革命后改称东吴大学。1901年6月24日，在美国田纳西州以“CentralUniversityinChina”名称注册。
1901年3月，宫巷中西书院迁入天赐庄博习书院旧址，东吴大学堂正式开学，成为美国基督教在中国建立的早期教会大学之一。开办之初，只设中学班，学生不足百人。到1905年开始招收12名大学生。该校西学课程大体仿效美国大学，国学则自作安排，分设有文理，医和神学三科和附中数所（分别位于苏州、上海和湖州）。
发展
1904年东吴大学增设医科。
1907年东吴大学首次授予毕业生学士学位（中国第一个文学士学位（沈伯甫））。
1908年东吴大学在美国田纳西州注册名称改为“SoochowUniversity”。
1909年东吴大学颁授三个医学士学位，后未继续（1912年医科撤销）。
1910年东吴大学增设神学科。
1911年3月，孙乐文去世，校董会选举同一宗派的上海中西书院的校长葛赉恩（J.W.Cline）为东吴大学的新校长。这一任命也就使上海中西书院与东吴大学合并组成了东吴大学的文理科。当时大学生人数为50名左右。
1912年东吴大学颁授第一个神学学士学位（同年神学科撤销）。
1915年东吴大学于上海昆山路中西书院原址设立法科。颁授第一个理学士学位。
1917年东吴大学颁授中国第一个硕士学位（徐景韩）。
1918年东吴大学颁授第一个法学士学位。
1927年文理科、法科分别更名为文理学院及法律学院。
1928年东吴大学开始招收女生。颁授第一个法学硕士学位（金兰孙）。
1929年文理学院分为文学院及理学院。自此东吴大学设有文、理、法三个学院。文学院及理学院在苏州，法学院在上海昆山路。
“复校”
1949年，国民党政府迁台。东吴大学在台校友倡议复校，1951年筹组董事会，于台北市汉口街借屋设东吴补习学校，设法政、商业、会计及英文四科。1954年台湾当局“教育部”以东吴补习学校办学绩效卓著，核准先行成立台湾东吴大学恢复法学院，设法律、政治、经济、会计四系并附设外国语文学系，为台湾地区第一所私立大学。1957年购得士林外双溪土地七甲加上士林镇公所赠与之土地共十五甲，此时石超庸校友接任院长，积极推动建校事宜。