乐山师范学院音乐学院是在原乐山师范高等专科学校音乐系的基础上发展起的，1999年6月建系，开办了第一个专科专业——音乐舞蹈教育，1999年8月招收第一批学生。2001年经国家教育主管部门批准正式开办四年制音乐学(本科)专业，当年招收本科学生83人（含专升本），在校专科学生136人。音乐学院于2009年7月成立，现开设有音乐学（含音乐教育及音乐舞蹈教育二个专业方向）专业和音乐表演专业，面向全国招收应届、往届高中毕业生。 2001年以来，学校全方位地对音乐学院给予了大力支持，经过全体师生多年的艰苦努力，音乐学院不断发展并成熟起来，其硬件设施建设、教学、科研及学科建设等均获得了长足的进步，教学质量不断提高。2004年，音乐学院专业在接受四川省教育厅评估中顺利获得了学士学位授予权资格，2006年，在接受国家教育部的本科教学工作水平评估中取得良好成绩。
音乐学院专任老师由2001年的24人发展到现在的46人（其中：教授4人、副教授5人，讲师27人，硕士17人，在读博士3人）。教师队伍结构合理，朝气蓬勃，勤奋敬业。在校本科学生人数由2001年的83人发展到现在的近900人，现已向社会输送本专科毕业生600余人。
音乐学院目前办学条件良好，学校投资改建了音乐楼，建筑面积近9700平方米。音乐楼四周花团锦簇，环境优美，浓厚的艺术氛围与美丽的校园融为一体。音乐系不断加强硬件设施建设。现有琴房120余间、钢琴120余台、丰富的图书音像资料和各类西洋乐器、民族乐器等设备；有可容纳 400 余人的音乐厅及专门的舞蹈教室、排练厅、数码钢琴教室、MIDI教室、多媒体专业教室等，为今后的可持续发展奠定了坚实的基础。
音乐学院一直坚持育人为中心，勤奋务实，团结进取，开拓创新；以改革促发展，常抓教学质量；以管理促效益，狠抓学风建设；以科研促教学，带动学科发展；以实践促水平，提高学生综合素质；经过多年建设和发展，现已成为一个在四川省内具有一定影响力的艺术系科。几年来，音乐系以评估为契机，进一步强化教育教学改革，树立新的教育观和人才观，重视学生创新精神和实践能力的培养，全面推进具有高师特色的素质教育，使全系的各项工作跃上了一个新的台阶。
音乐学院在培养学生方面，重视培养“一专多能”的创新型人才，强调“重基础，宽口径，强素质”的办学思路，提倡和鼓励学生积极参加艺术实践活动，师生多次在全国、省市的各级比赛中获奖。近年来，音乐学院在校学生先后获得“全国首届大学生艺术展演舞蹈比赛一等奖”（并在人民大会堂颁奖晚会上演出）、“全国电视希望之星十佳”、“开心一百”金像奖、省市各种专业比赛一、二等奖等荣誉，并应邀参加了中央电视台在厦门举办的“同一首歌”的演出活动，2003级的学生在中央音乐学院学习一年后在共青团四川省委、四川省教育厅、四川省学生联合会举办的四川省首届大学生校园歌手大赛中荣获“金奖”，被评为“十大优秀校园歌手”，并代表四川省参加了由共青团中央、国家教育部、中国文联、全国学联在重庆西南大学举办的第四届中国大学生校园歌手大赛决赛中荣获“铜奖”，系上组织排练的《长征组歌》、《嘉州放歌》等大型音乐、舞蹈节目在社会公演反映良好。2007年，音乐学院42名学生应邀参加了在上海举办的特殊奥林匹克运动会闭幕式演出。音乐系学生参加四川省第五届大学生艺术节荣获两个一等奖、两个二等奖和一个优秀奖的优异成绩。近两年已有5名学生考取西南大学等重点高校的硕士研究生。