南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年，现设临床医学（八年制）、基础医学（七年制）和口腔医学（七年制）三个专业。现有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%，是南京大学11个进入全球前1%的学科之一。
凭借南京大学雄厚的自然科学基础，浓郁的学术和人文氛围，学院尤其注重加强学生的基础理论、创新思维及科研能力和人文素质的培养，教学内容反映现代水平，并开设大量与现代医学理论和临床有关的通识通修课，使学生既具有广博而坚实的生命科学和自然科学基础，又掌握现代医学理论和必要的临床知识与实践机能。国际交流频繁，与澳大利亚西澳大学医学院、香港中文大学医学院等签署学生交流协议，每年遴选优秀学生赴上述大学医学院进行为期3月和5周的交流。
除了学校的各类奖、助学金外，学院专设有“吴阶平基金会优秀贫困大学生助学专项基金”和“校友助学专项基金”等助学金，资助品学兼优、家境贫寒的学生完成学业；还专设有“香港孙明杰基金会威尔曼优秀研究生奖学金”，奖励优秀研究生。
建院以来，南京大学医学院已培养多届毕业生，这些毕业生绝大多数在全国各大城市的三级甲等医院中从事临床工作，在工作中都有出色的表现，其中一部分在业务上已有所建树或成为所在单位的骨干。用人单位在评价南京大学医学院的毕业生时一致认为：该院毕业生基础扎实、思维敏捷、知识面宽、外语好、计算机能力强，有较强的研究能力和创新能力，并十分关注医学发展的前沿动态，在医学临床和研究领域有很强的竞争力。
历史沿革南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年；
1949年解放后改名为南京大学医学院；
1951年划归部队系统；
1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。
2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。
办学条件师资力量医学院现师资力量雄厚，现有中国工程院院士2人，博士生导师56人，教授151人，副教授220人。近三年获国家科技进步一等奖1项、二等奖1项，获教育部高等学校科技进步一等奖5项、二等奖2项。近三年获国家重大科研项目8项，国家自然科学基金204项，总累计科研经费约1.7亿元。他们中既有中国工程院院士，博士生导师黎磊石教授、黎介寿教授等我国著名的医学科学家，又有近几年来在医学界崭露头角的一批中青年专家。医学院尤其注重加强基础和学生思维能力以及外语水平与计算机应用的培养和训练，教学内容反映近代水平，并开设大量与现代医学理论和临床有关的选修课，使学生具有广博而坚实的生命科学和自然科学基础，又掌握本学科的现代理论和必要的临床实践知识。（详情见下表）