南通大学理学院是由原南通医学院，南通工学院，南通师范学院三所高校的数学系，物理系，应用数学系合并组建而成的，是2004年南通大学组建后首批设置的学院之一，也是南通大学办学规模较大，办学水平较高的学院之一。学院现有教职工151人，其中教授12人，副教授40人，高级实验师3人，专任教师130人，具有博士，硕士学位的教师的比例为55%，学院聘请李大潜院士为兼职教授，外聘数名院士和知名专家为客座教授。学院有全日制学生1300多人，多年来为华东乃至全国培养输送了大批合格人才。学院现设有信息与计算科学、数学与应用数学、物理学，应用物理（微电子学）、光信息科学与技术、统计学六个本科专业，其中数学与应用数学专业具有硕士授予权。学院拥有面积5600平方米，设备价值约740万元的省级物理实验教学中心；拥有设备价值数十万元的大型专业软件的现代化数学建模实验室。学院坚持走“以质量求生存，以特色求发展”的道路，培养的学生基础扎实，实践能力强，综合素质高，绝大多数学生毕业后成为所在单位的技术骨干，不少毕业生走上了省市及企事业单位的领导岗位，在省内外享有较好的办学声誉。
科研成果学院通过互派高级访问学者，合作科研，资源共享等形式不断扩大学术研究交流的领域以提高学科科研实力和办学水平。近年来，在教学改革和教学研究方面成果显著。主持和参加了多项国家高新技术863计划，国家自然科学基金和省部级科研项目。发表了学术论文500多篇，其中有近100篇被国际三大检索SCI,EI,ISI收录，获得多项省市科研进步奖。
教学方针学院坚持以学科建设为龙头，以教学为中心，注重学生知识的拓展和创新能力的培养，坚持面向市场办学，积极推进教学改革，主动适应经济和社会发展的需要，努力培养当今社会经济发展所需要的复合型应用人才，教学质量稳步提高。在近几届的全国及省市的挑战杯，大学生物理竞赛，大学生物理创新竞赛，电子发明创造大赛，课外科技活动大赛，大学生数学建模竞赛，高等数学竞赛，英语竞赛中多次获奖，学院每年均有相当数量的学生被国内著名高校录取为研究生，培养的学生因为基础扎实，知识面广，动手能力强而深受用人单位的欢迎，连续两届毕业生就业率平均都在95%以上。
机构设置委员会：
学术委员会
教学工作委员会 学位评审分委会
教研室：
公共数学教研室 基础数学教研室 应用数学 信息与计算科学 数学教育 公共物理 基础物理 理论物理 物理教育 实验中心
办公室：
学院办公室 教务管理办公室 学生工作办公室