创办于1977年，先后为莆田地区师范学校大专班、莆田师范专科学校、福清师范专科学校等，是国务院批准的福建首批四所师范高专之一。1983年，根据中共中央、国务院关于加速发展高等教育的精神和福建今后建设人才的迫切需要，省委、省人民政府决定依靠福建师大的现有力量，把福清师专改为福建师范大学二部，归师大统一领导和规划。1984年6月定名为福建师范大学福清分校，并一直沿用至今。
办学30多年来，素以严格管理、注重质量、鼓励创新、富有特色而赢得良好的社会声誉，办学层次逐步提高，办学规模不断扩大。现设有经济法律、人文科学、外语、数学与计算机科学、电子与信息工程、生物与化学工程、体育科学、管理等8个系，本科专业27个，全日制学生7000多人。
2010年以来，省教育厅副厅长吴仁华、福建师范大学党委书记罗萤、副校长许明等，到福清分校指导工作，强调更新办学观念，拓展办学形式，加强与政府、企业、校本部的联系，凝练学科专业特色，努力实现科学发展、跨越发展。省人大常委会委员、省社会主义学院副院长陈宜安研究员在省“两会”上提出《关于加大力度支持福建师范大学福清分校发展的建议》，被省教育厅列为A类；她指出，要自觉响应胡锦涛同志关于建设学习型社会的号召，积极发展终身教育。
菁菁校园绿树成荫，花团锦簇；莘莘学子意气风发，格物致知；辛勤园丁传道授业，树德立贤。盎然生机中，自然、建筑与人文相互映衬、融为一体。占地面积约500亩，中期发展目标是1000多亩。
办学条件编辑师资力量现有教职员工500多人，其中教授、副教授等高级职称人员120多人，具有博、硕士学位教师300多人，并常年聘请外籍教师和其他高校的专家、教授来校授课。
学科建设学校目前有省级重点建设学科2个、省本科高校专业综合改革试点专业3个、省级特色专业2个、省级优秀教学团队1支、省级精品课程6门、省级教学名师2人；已建立16个综合实验室，73个校外实训基地，其中有3个省级实验教学示范中心、5个省级公共基础课实验教学平台、5个省级校企合作实践教学基地，并成立了国家职业技能鉴定站和省级继续教育基地；校园占地（含预留地）900多亩，校舍建筑面积14万多平方米，运动场面积3.3万平方米；馆藏图书（含电子图书）100多万册，期刊1200多种，信息网络与福建师范大学图书馆联网，实现资源共享，基本形成覆盖多学科文献资源的保障体系。
人才培养著名侨乡福清市位于福州-平潭主干线中枢位置，居全国百强县（市）第17位（2010年），是海西建设的排头兵。福建师范大学福清分校（福清校区）是地处福清的最高学府，坚持应用型人才培养目标，促进产学研相结合。2010年，在福建师大毕业生一次性就业率高于80%且年终就业率100%的28个本科专业中占12席；在师大就业率增幅前6名的专业中占4席，分列第一、二、三、五。