会计学专业
会计学专业创建于1988年，迄今为止已有20多年的办学历史。在此期间，会计学专业经历了三个重要阶段和两个重要转折点。三个重要阶段包括：专科办学阶段、本科申报阶段和本科办学阶段。两个重要转折点分别是1996年的专业体系大调整和2001年会计学专业申本。2002年会计学专业本科招生正式开始，至今已有七届1100人左右的本科毕业生，会计学专业办学规模在2002年两个班的基础上，03、04年增加到3个班，05、06年扩大规模达到5个班，2007年开始为了提升专业内涵建设做了调整，每年基本稳定在3个班，目前四个年级在校生共有12个教学班，学生合计480人左右。在学校领导和职能部门的关怀指导下，通过全系教师的共同努力，于2006年6月顺利通过省教育厅组织的学位授予权的资格评估，2011年12月完成了教育部的合格评估。
经过几年的建设，在人才培养模式、专业课程体系的构建、师资队伍的建设、课程建设、教材建设、专业教学内容、教学方式、改革教学手段和教学管理等方面都取得了一定的成效。目前会计学专业已成为学校的重点建设专业、重点建设学科之一，省级人才培养创新实验区，省级专业综合改革试点，省级工商管理重点学科二级学科。同时也是著名爱国华侨李文正先生鼎力资助学校的两个“海外合作班”专业之一。
市场营销专业
莆田学院市场营销本科专业成立于2004年，是莆田学院第三批设置的本科专业之一，2008年正式获得教育厅管理学学士学位授予权。受市场需求和专业发展需要，市场营销专业师资队伍发展迅速，现有专任教师11位，其中教授一名，副教授四名，硕士及以上学历占82%，多数教师有为企业提供调研、策划、培训等咨询服务的经验与背景，已形成以中青年教师为主、实践能力强、结构合理的教学团队与学术队伍。现有在校全日制学生350名，设置八个教学班。
本专业以服务地方经济为突破口，提高教师的学术水平和专业能力；通过引进与培养相结合，加强师资队伍建设以专业建设带动课程体系和教材建设；做好实训室和实习基地的建设，加强与企事业单位的联系，构建多层次的实践教学体系；试点实施“3+1”的人才培养模式，努力培养适应市场需求、具有较强就业竞争力的毕业生。近年来市场营销专业学生在福建省大学生“挑战杯”创业大赛、全国大学生电子商务“三创”赛及“e路通”杯全国大学生网络商务创新应用大赛上屡获佳绩。
目前市场营销专业是莆田学院特色专业，莆田学院人才培养创新实验区，同时与中国焙烤行业协会合作，试点实施“3+1”的人才培养模式，开创与行业、企业共同培养应用型人才的新模式。