华东军区人民医学院
1949年，由华东医学院、第三野战军卫生部医学院、国防医学院（部分人员与资源）、华东军区后勤卫生部医务干部轮训队合并，组建中国人民解放军华东军区人民医学院。
1947年，创建中国人民解放军第三野战军卫生部医学院。
1949年华东医务干部学校创立，1949年9月12日正式开学。
1949年华东医务干部学校升格为华东医学院
中国人民解放军上海军医大学
1950年10月，更名中国人民解放军上海军医大学。
中国人民解放军第二军医大学
1951年7月9日，更名中国人民解放军第二军医大学。
1954年，制定军医和药学专业新的教学计划和大纲，并完善了办学体系。
1955年创立卫勤系。
1956年，上海同济医院并入。
1960年增设了海医系。
1961年开始承担外军医学留学生培训任务。
1969年10月，学校奉命搬迁到西安现第四军医大学校址，教学工作完全停止达4年。
1975年8月，学校又奉命迁回上海。
1997年跻身国家 “211工程”重点建设院校。
1999年，海军医学高等专科学校、海军411医院并入。
学术研究科研机构学校有国家重点实验室1个，教育部重点实验室2个，卫生部重点实验室1个，上海市重点实验室3个，拥有全军重点实验室10个，其中免疫与基因治疗实验室、生物信号转导实验室和药物化学实验室被评为全军“重中之重”重点建设实验室。
肝癌分子网络调控与靶向干预重点实验室
生物信号转导实验室
分子神级生物学实验室肝胆肿瘤研究实验室临床免疫实验室消化病研究实验室心脏外科实验室药物分析实验室医学微生物学实验室科研成果
截止2013年，三年期间，学校承担国家“863”、“973”等重点项目140多项，各类课题3200余项，经费总额13.9亿元。学校先后获得国家最高科学技术奖1项、国家科技进步一等奖2项、国家自然科学奖二等奖4项，国家技术发明奖二等奖5项，国家科技进步奖二等奖32项，省部级二等奖以上成果600余项。
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