学院以温州医科大学附属第二医院、附属育英儿童医院、浙江省立育英医院为依托，实行“四块牌子，一套班子”的管理方式，下设学院办公室、教学管理科、学生工作办公室。设有临床医学、麻醉学、中医学、康复医学四个本科专业及后期分流的儿科方向班，其中临床医学专业是国家一类特色专业和浙江省重点专业，也是我校招生设置最早、招生数最多、规模最大的专业。拥有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、麻醉危重病学、中医学、康复医学等19个教研室。拥有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等16个硕士点和眼科学、外科学、妇产科学3个博士点。
学院院训为“诚信、奉献、求精、创新”。
教学科研温州医科大学第二临床医学院有浙江省儿童呼吸疾病诊疗研究中心和浙江省脊柱外科中心两个省级医疗中心，温州医学院儿科研究所、骨科研究所、疼痛研究所、麻醉神经内分泌研究所设在本院，有7个省级医学重点（扶植）学科、3个中医药重点学科和4个重点专科。近三年获得国家自然科学基金9项，获得省自然等省部级课题37项，目前拥有正高职称教师104人、副高职称244人；具有硕士学位436人，博士学位35人；硕士生导师94名；博士生导师7名。
学院不断拓宽和完善临床实习基地的建设，已拥有台州医院、嘉兴市第一人民医院、宁波市第一人民医院、上海交大医学院附属瑞金医院等二十余所教学及实习医院。学院承担留学生、硕士研究生、在职研究生和五年制全日制本科生的临床医学教学任务。