2003 年 12 月，该系更名为土木工程系，并与新成立的建筑学系等隶属于船舶海洋与建筑工程学院。 上海交通大学土木工程系现有本科专业为土木工程，已连续三次通过国家建设部的专业评估，教学特色是力求培养“复合型”、“宽厚型”和“外向型”人才，在重视基础性知识学习的同时，特别强调外语、计算机应用和经济管理能力的培养。本科毕业生获工科学士学位。
土木工程系已设立的硕士点专业包括岩土工程（081401）、结构工程（081402）、防灾减灾工程及防护工程（081405），其中结构工程专业于 2003 年获得了博士学位授予权，岩土工程2005年获得了博士学位授予权。2007年岩土工程被评为上海市重点学科。2009年建立土木工程博士后科研流动站。2011年获土木工程一级学科博士点。本学科结合国家与上海市的重大工程建设，围绕土木工程建设，承担了大量高水平的科研项目，2009年科研经费近2000万元。在国家“211”和“985”工程建设项目支持下，引进了包括“千人计划”学者、“青年千人计划”学者和特别研究员在内的一批优秀人才，土木学科师资力量、实验条件、教学科研等方面取得较大发展。如近3年在研国家自然科学基金项目近50项，专任教师人均近1项。2010年来，土木工程领域SCIE论文发表量已进入全球高校前40名，且在影响因子前25%期刊的发表论文数量跻身全球高校前30名。2012年度QS世界大学排名（The 2012 QS World University Ranking for Law Lists）上海交通大学土木工程学科再度入围土木工程领域世界百强。这也是连续第二年进入世界百强。 该排行榜数据显示，2012年度我校土木工程学科位列世界第51名~100名区段，居中国大陆地区第2名。2015年度QS世界大学排名（The 2012 QS World University Ranking for Law Lists）上海交通大学土木工程学科世界排名29，国内领先于同济大学。
主要人物土木工程学科现有科研机构有：岩土力学与工程研究所（葛修润院士任所长），空间结构研究中心（董石麟院士任主任），结构工程研究所（赵金城教授任所长），安全与防灾工程研究所（陈龙珠教授任所长），土木工程与建筑实验中心等。
代表人物著名教授有葛修润（院士）、董石麟（院士）、刘西拉等。
系主任：沈水龙 副系主任：王建华、滕念管