山西医科大学的前身是山西医学传习所，创建于1919年。学校多次易名，数次迁址。1932年1月，改为私立山西川至医学专科学校。1940年3月，更名为山西大学医学专修科。1946年8月，升格为国立山西大学医学院。新中国成立后，学校步入了一个崭新的发展时期。1953年9月，独立建校，更名为山西医学院。1955年全国高校院系调整时，山西、江苏、山东、浙江四所医学院的卫生系合并组建了山西医学院卫生系，成为全国保留有卫生系的六所高等医学院校之一，并由全国著名卫生学专家、国家一级教授、原江苏医学院院长邵象伊担任院长。1996年4月，更名为山西医科大学。
学校校本部占地面积1864亩（含新校区），建筑面积41.59万平方米；固定资产总值42500余万元，其中教学科研仪器设备总值13300余万元；图书、资料150余万册。
学校校本部教职工1537人，其中专任教师839人（其中，教授185人，副教授224人）。学校共有研究生导师868人，其中博士生导师87人。学校现有享受政府特殊津贴人员117名，国家级有突出贡献专家2名；国家级教学名师1名，省级教学名师27名；教育部新世纪优秀人才4名，"新世纪百千万人才工程"国家级人选2名，"新世纪学术技术带头人333人才工程"省级人选37名，山西省海外高层次人才"百人计划"入选者7名，山西省高等学校中青年拔尖创新人才3名，山西省高等学校优秀青年学术带头人36名；国家级优秀教学团队1个，省级优秀教学团队1个，省高校创新团队重点培育对象2个；中央联系的高级专家5名，省委联系的高级专家47名。
学校生源来自全国28个省、市、自治区。校本部现有普通高等教育在校生12729人，其中，博士生171人，硕士生 3174人，本科生9384人；成人高等教育学生7618人。建校以来，学校培养了以全国首枚"白求恩奖章"获得者、"人民的好医生"赵雪芳为代表的医药卫生专业人才7万余名。近年来，学校积极调整人才培养层次结构，不断深化教学改革，人才培养质量逐步提高，在全国第二届医学生临床技能大赛中成为荣获一等奖的唯一一所地方医学院校，本科生考研率保持在30%左右，毕业生就业率保持在80%左右。
经过九十多年的建设与发展，学校已由初创时的单一学科，发展成为以医学为主，医、理、管、法、文多学科相互渗透、协调发展的医科大学，形成了以本科教育为主的多层次人才培养体系。无论是办学规模、办学质量、办学效益，还是师资队伍、教学科研能力、管理水平在全国同类院校中均具有一定优势。2006年，学校接受了教育部本科教学工作水平评估，被评为优秀。2010年，学校成为"山西省海外高层次人才创新创业基地"。