厦门大学药学院是厦门大学于2010年全新整合成立的专门性药学学科教学科研机构，是在原厦门大学生物医学研究院、医学院药学系的基础上，集聚我校生物医药研究的精干队伍而成立的，一个会聚海内外科研精英，培养社会急需人才，致力于自主知识产权原创新药研发的综合性、创新型学院。
学院瞄准国家人口与健康的重大需求，专注于癌症等重大疾病的治疗药物原创性发现与创新性研究的重大科学前沿问题。以发展具有自主知识产权原创新药为重点内容，致力于建立一个国家级“新药发现与创制”科技创新平台，形成综合研究实力雄厚、独具特色的集药学研究、科技成果转化应用和人才培养于一体的基地，并成为海峡西岸经济区医药研究开发体系和现代医药生产体系的创新基地。
学院具有多年的本科生、研究生教育培养经验。药学专业本科生招生始于2004年，并于2007年开始招收药物化学和药理学硕士研究生，以及化学生物学硕士和博士研究生。学院目前设有药学本科专业（设靶点药物与药理学、药物化学与信息学、药物制剂与转化医学工程学3个方向），拥有药学一级学科硕士点（涵盖药物化学、药剂学、药理学、药物分析学等学科）。学院设立丰厚的本科、研究生奖学金，为硕士研究生提供全额学费。2012年全院共有全日制在校生337人，其中本科生216人，研究生121人。
学院教学科研队伍实力雄厚，整体囊括了一支以海内外高水平专家学者为核心、中青年骨干为中坚力量的一流人才团队。学院由中组部首批“千人计划”入选者、长江学者讲座教授张晓坤教授担任院长，团队的领军人物还包括中国工程院院士姚新生教授，中组部“千人计划”入选者洪万进教授、周强教授、郑立谋教授等。以他们为学科领头人，培养了一批具有国际前沿科研视野和顶尖技术的本土团队，现已有福建省“百人计划”入选者4名，福建省杰青1名，厦门市“双百计划”入选者6名；教师队伍近七成具有海外学术经历。
学院建有多个重要的教学科研平台，取得多项国际先进水平的科研成果。现有教育部“核受体肿瘤分子靶点与药物开发”创新团队、福建省药学人才培养创新实验区、福建省药学实验教学示范中心、厦门市手性药物重点实验室、厦门市代谢性疾病重点实验室等平台。立项有863课题、973子课题、国家基金重大研究计划项目、教育部科技研究重大项目等重大课题。近年来,学院教师接连在《癌细胞》（Cancer Cell）、《分子细胞》（Molecular Cell）、《致癌基因》（Oncogene）等国际顶尖学术杂志上发表多篇学术论文，揭示癌症、艾滋病、白血病等疾病的机理和潜在治疗药物分子，成果屡受《自然》（Nature）杂志旗下多种刊物高度评价及关注，深具重大的科研价值和广阔的应用前景。