舟山航海学校现址位于风光秀美、气候宜人的海洋历史文化名城——定海，是舟山市中等职业教育体系中唯一一所专门从事航海教育的全日制中等职业学校，现有东海和育英两个校区及浙江国际海运职业技术学院(下简称浙海职院)、嵊泗职教中心和宁波象山县国际海运职业技术学校三个教学点，另有尚在筹建中的以打造国际海员培养基地为主调的临城新校区。
学校创建于1990年7月，在舟山市委、市政府的正确领导和香港董事集团主席董建华先生及香港董事集团的扶持下，学校发展迅速。1998年9月通过挪威船级社(DNV)ISO9001:1994版质量管理体系认证，并于2001年11月顺利通过了ISO9001：2000版转版认证。1999年4月通过国家海事局船员教育和培训质量体系审核，是中国政府履行《STCW78/95公约》的履约学校之一。1999年7月，香港船东会经过考察，把学校列入其与中国大陆七家航海院校及合作网络院校之一。2001年迈入省一级重点职业技术学校。2003年11月学校通过质量管理体系再有效审核。2004年被教育部评为国家级重点职业技术学校。2004年6月合并为浙江国际海运职业技术学院，期间更是硕果累累，并于2008年12月29-31日成为第一所顺利通过高职高专人才培养工作水平评估的院校。2010年8月学校恢复建制，隶属于舟山市政府。
2011年8月学校恢复建制后与浙海职院正式脱离，独立办学，由舟山市政府委托浙海职院管理，并与浙海职院教学资源共享。舟山市教育局按照“优势互补、错位发展”的专业布局，确定舟山航海学校为专门化学校，重点建设好船舶、海运、机电、旅游等舟山海洋经济发展四大支柱产业中的航运驾轮(省级示范专业：航海驾驶和轮机管理)专业。航海驾驶和轮机管理专业服务地方产业特色鲜明，舟山航海学校培养的海员在舟山乃至海内外都享有良好的声誉。
学校以质量求生存，人才培养模式独特，师资力量雄厚，准军事化管理到位，校风、学风好。办学二十余年来，始终秉持“以服务为宗旨，以就业为导向”的办学方针，构建以“公共课程+核心课程+教学项目”类型为主的中等航海职业教育课程新模式，人才培养方案合乎STCW新公约要求，依托由舟山市政府主办的航海咨询会，坚持走校企合作的办学道路，不断探索、实践适合航海教育的“全方位”的产学合作教育模式，先后与香港董氏集团等国内外多家航运企业进行校企联合办学。近三年来，学生就业率达到了98%以上，为国内外航运界输送了大量优秀海员，同时也解决了大批舟山渔农村子弟的就业问题和困难家庭的脱贫致富问题;服务于地方经济，每年培训社会船员约2000人次，为舟山海洋经济的发展做出了积极贡献。