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1912年7月10日至8月10日，中华民国全国教育会议在北京举行，会后，中华民国教育总长范源濂邀请教育会会员汤尔和办一所国立医学校，汤尔和表示同意，并提出学校要专门教授西方医学。9月，中华民国教育部致电汤尔和到京，筹划创立医学校。10月16日，中华民国教育部签发命令，任命汤尔和为国立北京医学专门学校校长。1923年，学校被改建为国立北京医科大学校。1927年，北京所有国立高等学校被改组，合并组建国立京师大学校，学校更名为国立京师大学校医科。1928年11月，国立京师大学校改组为国立北平大学，医科改组为医学院，更名为国立北平大学医学院。

1937年9月，全面抗战爆发，国立北平大学等高校奉命迁往西安，部分师生留守北平，西迁师生成立了西安临时大学医学院。1938年3月，西安临时大学改称为国立西北联合大学，并迁往陕西城固，同年，留守在北平的师生则加入了伪政府创办的“国立北京大学医学院”。1939年8月，国立西北联合大学改成国立西北大学，同时医学院独立，改建国立西北医学院。1945年12月中旬，北京各公立大学被统一编为“北平临时大学补习班”，北平大学医学院被编为“北平临时大学补习班第六分班”。1946年7月，北大在北平复校，北平临时大学补习班第六分班并入北大，称谓北京大学医学院。1948年11月，医学院地下党组织根据北平地下党委的指示，接管了医学院。

1952年院系调整时，北医独立建制，脱离北大。1953年2月，中央人民政府高等教育部正式颁发“北京医学院”印章。1954年12月，被确定为全国重点大学。1958年，卫生部和北京市先后将原中央人民医院、建工部职工医院、北京市平安医院、市立第七医院等四所医院拨给北京医学院作为附属医院。1959年3月，被确定为十六所全国重点学校之一。

文化大革命开始后，学校“停课闹革命”，1966年至1970年间，学校的教学工作处于停滞状态，五年间没有招收任何本科生、研究生、进修生。1970年，学校开始招收三年制工农兵学生。粉碎四人帮后，学校的教学秩序开始恢复。1984年，学校被确认为全国重点建设的10所大学之一。1985年，学校更名为北京医科大学，正式成立研究生院。1997年，学校入选211工程。2000年4月3日，北医与北京大学合并成立新的北京大学，5月4日，正式更名为北京大学医学部。

20世纪50时代，学校建立并完善了各级教学组织和教学制度，加强了教学工作的领导与管理，基层教学组织统一定名为教学研究组，制定并健全了《暂行学则》、《教学实习制度》、《学生考勤制度》、《学籍处理暂行规定》等制度。期间还建立了包括学术委员会、教学方法研究委员会、科学研究委员会、图书馆委员会等在内的专门委员会，并制订了相应的工作条例、工作计划。