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2001年经教育部批准开始招收6年制本硕连读的长学制学生。在实施长学制招生计划和六年一贯、本硕融通的培养模式后，学院注意转变教学思想，更新“教与学” 的观念。以不断提高人才培养质量为目标，在教学体系、教材建设、课程设置、师资培养、素质教育等方面做出了较大的调整与改革。在“加强基础、注重素质、因材施教、强调创新、面向未来”的培养方针下，突出了学生能力和学习主动性的培养，逐步建立以学生为主体的个性化教育模式，大力提倡教授讲授基础课，加大推进本科生早期进入实验室的力度，适当减少了课堂授课时间。制订了长学制分流条件及二级学科培养细则，培养方案不断完善，成效显著。

为适应不同层次人才的需要，编写了多种高水平教材，其中为六年制本硕连读编写的特色教材17部已正式出版9部；主编全国规划教材8本，参编10本。有12本教材获“十一五”规划教材立项，2本教材被评为北京市高等教育精品教材，3本教材获北京市高等教育精品教材立项。《有机化学》、《物理化学》分别获2006年全国高等学校医药优秀教材二、三等奖。《无机化学》、《药用植物学》被评为北京大学、北京大学医学部优秀教材。《药物化学》获得2006年国家精品课程。