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学校实施“特色兴校”战略。依托滨州人文环境资源、高新技术和自身优势，精心打造飞行技术和黄河三角洲生态、黄河三角洲文化、孙子文化研究等特色品牌。2006年组建了飞行学院，成为全国第一家培养飞行员的地方普通本科院校，填补了省内专业设置的空白。建有全国高校第一个孙子研究院、第一个安全文化研究中心、第一个李大钊研究所；拥有山东省黄河三角洲生态环境重点实验室等3个省部级实验室、山东省航空信息技术研发基地等3个省部级研究中心、山东省黄河三角洲文化研究基地等6个省部级人文科学重点研究基地和滨州市食品安全重点实验室等5个市级创新平台。先后承担国家级科研项目21项，省部级科研项目188项；发表学术论文3600余篇，其中SCI、EI收录308篇；出版学术著作65部；取得鉴定成果36项，获得专利授权109项，转化科技成果20项；获得市厅级以上科研成果奖励968项；《滨州学院学报》入选教育部“名栏建设工程”。