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1995年12月，学校迁至大连大学新校址。在体制上过度到完全由大连大学党委统一领导的新格局，为新时期医学院发展奠定了坚实的基础。近年来，医学院又先后有护理学、中药学和口腔医学三个专业获准申办本科专业。

2005年，医学院又一次性申报病原生物学、生理学、临床检验诊断学、中西医结合基础、人体解剖与组织胚胎学五个二级学科硕士点获得成功，从而使学院的学术地位得到快速提升。学院在校生已达2000余人，本科生考研率逐步提高，毕业生就业率一直位于学校的前列。

大连大学医学院在学院领导班子的正确领导下，师资队伍结构发生了深刻变化，使学院拥有一支教学经验丰富、学术水平较高、师德优良、结构合理、符合应用型人才培养需求的师资队伍。专任教师87人，其中教授19人（特聘教授2人、责任教授4人）、副教授38人；具有博士学位教师14人、硕士学位教师38人。学院承担各级科研课题达31项，其中国家自然基金面上项目5项、省级项目21项、市级项目5项；各级教改课题61项，其中国家及省级课题23项、校级课题38项。近5年来，在各级刊物发表学术论文600余篇，被SCI收录20余篇，主编、参编教材50余部，并有30多名教师担任国家、省、市级各类学术团体的理事、常务理事和理事长等职务。学院与国内外许多知名医学院校建立了学术交流和科研合作关系。