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1998年由原煤炭工业部划归辽宁省人民政府管理，实行中央与地方共建，以地方管理为主的体制。

2000年，辽宁工程技术大学校团委被共青团中央授予“全国五四红旗团委”的称号。

2002年5月5日，全国人大副委员长，中国科协主席周光召在葫芦岛接见了该校党委书记邢贵和，校长石金峰，副校长马壮，副校长聂忠义，饶有兴致地为该校题词，并为葫芦岛软件学院题写了院名。

2005年，辽宁工程技术大学获国家科学技术进步奖二等奖。

2006年，辽宁工程技术大学被共青团中央确定为首批全国大学生素质拓展计划试点高校。

2008年6月18日，潘一山同志任辽宁工程技术大学校长、党委副书记。免去石金峰同志辽宁工程技术大学校长、党委副书记职务。

2008年9月20日，辽宁工程技术大学阜新篮球学院挂牌成立，这标志着中国第一家具有本科学历的篮球学院正式成立。

2008年，辽宁工程技术大学王继仁教授主持“煤炭自燃理论及其防治技术研究与应用”获国家科学技术进步奖二等奖。

2009年10月8日，辽宁工程技术大学举行建校60周年庆典。原煤炭工业部副部长校友韩英、副部长校友张宝明，中国煤炭工业协会会长校友王显政出席庆典大会并讲话；国家煤矿安全监察局副局长校友付建华代表国家安全生产监督管理总局宣读了发来的贺信；校友代表，中国航天科技集团公司总经理马兴瑞、北京市副市长校友丁向阳、神华集团有限责任公司董事长校友张喜武回母校参加建校60周年庆典。