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学校设有呼吸疾病研究所、蛇毒研究所、中西医结合研究所、神经科学研究所、化学致癌研究所、肿瘤研究所、人文社会科学研究所、妇产科学研究所、心血管疾病研究所、骨科研究所、高等教育研究所、免疫研究所、泌尿外科研究所等13个研究所。设有广东省伦理学研究中心、广东省窥镜外科研究开发中心、广东省呼吸医学工程技术研究开发中心、药物研究中心。呼吸疾病实验室是广东省地方高校中第一个国家重点实验室，神经遗传与离子通道病重点实验室是教育部与广东省共建重点实验室。另外拥有省级重点实验室6个、厅市级重点实验室12个。近年来，学校承担国家“973”、“863”等重大科研项目多项，在《自然医学》、《柳叶刀》等世界知名杂志上发表多篇高水平论文。