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临床医学技术系现设有临床医学、口腔医学技术、康复治疗技术、医学影像技术、医用电子仪器与维护和卫生信息管理等6个高职专业和1个农村医学中职专业。其中，临床医学专业始建于1958年，是学院举办大专层次教育时间最早、最长的传统骨干专业，半个多世纪以来，为我省我市基层医疗卫生单位培养了大批实用型医学专门人才，毕业生质量受到业界人士肯定与好评。

临床医学技术系具有良好的校内外实训实习条件。校内临床技能实训中心建筑面积约2880平方米，设备先进，集教学、培训、鉴定、资格考核于一体，已成为学生进行专业技能训练的良好基地。同时，临床技能实训中心还作为漳州市乡村医生、乡镇卫技人员、执业（助理）医师临床实践技能、相关医学专业技能鉴定等项目培训与考核基地。另外，在全省各地建立比较完善校外实践基地网络，拥有3所附属医院，教学实践基地41个（其中教学医院25所、实习医院8所、社区卫生服务中心3所、校企合作单位5个），承担学生课间见习、社区实习、毕业实习（顶岗实习），也为学生就业提供了条件保障。