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福建中医药大学的最早前身是1953年9月创建的福州中医进修学校，1955年福州中医进修学校更名为福建省中医进修学校。

1958年7月扩建为福建中医学院，学校创办初期只有6名专职教师，1966年已有专职教师89名。“文化大革命”开始后，福建中医学院与福建医学院合并，迁往泉州，改称福建医科大学。1972年，学校成立中医系后，开始招收中医专业学生。

1978年学校迁回福州，同年11月经国务院批准，复办福建中医学院，并在福州五四北路修建校舍。1994年，学校共设中医系、骨伤系、针灸推拿系、中药系和现代医学部、公共基础部，有4个本科专业、4个专科专业、5个硕士点。教职工1300多人，其中高级职务170多名，中级职务250多名。

2010年2月3日，经教育部审核后，福建中医学院升格为福建中医药大学。2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学。

截至2013年10月，学校有教职医护员工2700多人，其中具有高级职称的专业技术人员500多人；拥有一批国家有突出贡献的中青年专家、国务院特殊津贴专家、国家级名老中医学术继承人指导老师、全国百名杰出青年中医、全国优秀教师等。

2010年底，学校顺利通过教育部中医学专业试点认证。

截至2013年10月，学校有中医学、中西医结合2个博士学位授权一级学科，有15个博士学位授权点，有临床医学、中医学、中西医结合、护理学、药学、中药学6个硕士学位授权一级学科，有42个硕士学位授权点，有中医学、七年制中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、医学影像学（医学影像技术）、食品科学与工程、生物医学工程、康复治疗学、信息管理与信息系统、医学实验技术、医学检验技术等19个本科专业及方向。

截至2013年4月，学校有福建省重点学科7个：中西医结合、护理学、康复医学、临床医学、药学、中药学、中医学；福建省特色重点学科2个：中西医结合、临床医学（康复医学方向）；截至2010年11月23日 ，学校有福建省国家重点学科培育建设学科1个：中西医结合临床。