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上海交通大学医学院的前身为上海第二医科大学。原上海第二医科大学是由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并组成。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，新的上海交大医学院成立，崭新的上海交大医学院由教育部、上海市政府重点共建。

一、1879-1952年

圣约翰大学医学院

圣约翰大学是美国圣公会建于上海的一所教会大学。建于1879年，1952年撤消，历时73年。在上海教会大学中历史最为悠久。

1879年—1896年，创建圣约翰书院，创办人施约瑟。建校初期相当于中等学校。1888年起，卜舫济任校长（至1941年）。

1880年，文恒理创办虹口同仁医院医学班。

1896年—1906年，改组为圣约翰学校，设置医科、文科、理科，学制先后改为四年。文恒理为医科主任。

1906年—1952年，注册学校名为圣约翰大学，先后成立理学院、医学院、工学院、神学院、农学院。

1906年，圣约翰大学医学部，学制改为七年，毕业者授予博士学位。