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1952年，更名为“上海第一医学院”，1959年被定为全国16所重点高等学府之一。

1956年，为支持国家“三线”建设，上海第一医学院部份院系及相应重点学科（地方病防治学、高山病学、传染学、神经学、儿科学及内科诊断学）西迁重庆，组建上海第一医学院重庆分校，其附属华山医院、中山医院和儿科医院也部份西迁至重庆，组建为上海第一医学院附属重庆第一医院和重庆市儿童医院，同年，上海第一医学院重庆分院脱离上海第一医学院管理，独立成立重庆医学院，其在渝附属医院也划归重庆医学院。1985年重庆医学院更名为重庆医科大学，成为西南地区一所有着很大影响力的医学院校。

1985年，更名为“上海医科大学”。

1994年，通过211工程（中国21世纪重点建设100所大学计划）预审，为上海第一所获此资格的高校。

2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建为新的复旦大学；经过师生校友的抗争，“上海医学院”名称得以永远保存。

上海医学院具有光荣的历史和传统。上医曾先后设立基础医学院、公共卫生学院、护理学院、药学院等院系。