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物流经济系2007年10月成立，为突出海运、港口、物流等特色，从原国际经济与贸易系中分离出来。国际经济与贸易系的前身是1956创建的武汉河运学院（1957年改为武汉水运工程学院，后改为武汉交通科技大学，现名为武汉理工大学）水运经济系，水运经济系设有水运经济组织与管理本科专业，年制5年。1960年、1961年、1962年连续三届招收外国留学生。1962年我校水运经济系的水运经济与组织本科专业首届招生。1963年8月交通部进行部属院校专业调整，确定上海海事大学以培养水运经济管理高级专门人才为重点和主要特色，集中力量办学，遂将武汉水运工程学院的水运经济系调到上海，合并组建新的水运经济系，随之武汉水运工程学院水运经济组织与管理本科专业并入上海海事大学水运经济与组织本科专业，专业名称为水运经济与组织。文革中该专业停办。

1978年，上海海事大学的水运经济管理本科专业恢复招生，属理工科运输类，学制4年。1979年，水运经济管理本科专业名称改为水运经济专业，属理工科运输类，学制4年。1986年，根据教育部统一整理调整的专业名称，水运经济专业调整为技术经济专业，属理工科管理类，学制4年。同年本专业获得硕士学位授予权，招收运输经济学硕士研究生。