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学校现有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、继续教育学院、职业技术学院等12个二级学院，晋祠学院1所独立学院，口腔医学系、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、外语系、信息管理系、体育教学部、计算机教学部8个直属系部，18所附属医院（其中，非隶属附属医院14所），99个其他教学基地，7个研究生培养基地。

学校设有临床医学（五年制、七年制）、预防医学、法医学、口腔医学、医学影像学、麻醉学、护理学、药学、中药学、药物制剂、医学检验、生物制药、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向）、英语（医学方向）16个本科专业。其中，七年制临床医学专业是山西省唯一的长学制专业。

学校生理学为国家重点学科，生物学、公共卫生与预防医学、临床医学3 个一级学科设有博士后科研流动站，细胞生理学实验室为省部共建教育部重点实验室，临床医学、预防医学、法医学、药学、护理学5个专业为国家级特色专业建设点，临床技能实训中心为国家级实验教学示范中心，骨科学、重症医学科、中医护理学、泌尿外科、肾病科5个学科为国家临床重点专科；另有10个省级重点学科、3个省重点实验室、7个省级品牌专业、7个省级特色专业建设项目，6个省级实验教学示范中心、2个省级工程研究中心。