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1999年7月30日，经安徽省人民政府批准，学校更名为“安徽省中医药学校”。

2001年6月7日，经省政府皖政秘〔2001〕74号文件批准，学校升格为“皖南职业学院”，系专科层次的高等职业学校。

因医学类高职高专院校设置审批权在教育部，教育部组织专家组对学校升格重新评估。2002年3月21日，经教育部教发函〔2002〕59号文件批准，建立“安徽中医药高等专科学校”，撤销“安徽省中医药学校”建制，学校实行省市共建、以市为主的办学体制，由芜湖市委宣传部主管。

2002年10月，学校搬迁至城南高校园区，校址为荆山西路16号，原校区整体置换给安徽金鼎集团。

2004年6月22日，经芜湖市人民政府芜政秘〔2004〕100号文件批准，芜湖市中医医院作为学校附属医院。

校园掠影学校占地面积 826 亩，总建筑面积 29.96 万平方米。设有医疗系、药学系、康复保健系、护理系、口腔医学系、基础教学部和思想政治理论课教学研究部等 7 个教学系部，开设中医学、中医骨伤、针灸推拿、中药、中药制药技术、药学、药品质量检测技术、护理、医疗美容技术等 26 个专业，面向全国 27 个省、区、市招生，全日制专科在校生 9000 余人。