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温州医科大学体育科学学院是 温州医科大学下属的 二级学院，成立于2007年7月，与温州医科大学体育部合署办公，下设运动人体科学系、大球教研室、小球教研室、体操教研室、综合教研室，公体教学中心、群体中心、竞赛与训练中心、科研与体质测试中心、场馆服务中心，承担着学校体育教学、群体、竞赛、训练、服务及运动人体科学专业建设等工作。目前学院有教职工41名，教授2名、副教授7名，博士2名，浙江省“151”人才工程培养人员第三层次1名，温州市“551”人才工程培养第二层次人员2名、第三层次2名，拥有国家级裁判和国家级指导员6名，师资结构合理，层次分明，为学院的发展奠定坚实的基础。

温州医科大学体育科学学院全面贯彻党的体育教育方针和政策，积极推行体育教学改革，大力开展全民健身活动，在体育教学、运动竞赛和运动人体科学专业人才培养等方面进行了积极地探索，为学校培养德、智、体全面发展的高素质人才做出了应有的贡献。学校于1993年和2002年先后承办第八届、第十一届浙江省大学生运动会，取得了圆满的成功，温州医科大学运动员在历届省大运会上曾获得多项优异成绩。2004年学校获得“浙江省高等学校体育”贡献奖；2007年在《浙江省高校贯彻体育工作条例》评估中获得优秀。2006年体育科学学院被温州市评为“创建学习型组织”先进班组；2010年被评为校“三育人”先进集体；2011被评为校“就业工作”先进集体。目前学院拥有设施齐全的体育场馆10余万平方米和投资300余万建立的运动人体科学教学实验中心。教研相长是促进学院教学水平、科研实力提升的有力手段。学院教师在“十一五”期间共承担国家科技部课题2项、省部级科研课题3项、市厅级科研课题20余项；在国内学术期刊发表学术论文近200余篇，其中核心期刊发表30余篇，并有一批学术论文入选国内外学术论文报告会进行学术交流，受到同行专家学者肯定。学院在“十二五”期间大力发展公共体育教育，积极扶持运动人体科学专业，形成公共体育教学与专业教学相辅相成、相互促进的良好局面。