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建有1个国家级工程技术研究中心(国家海洋设施养殖工程技术研究中心)，6个省部级重点实验室(浙江省海水增养殖重点实验室、浙江省海洋养殖装备与工程技术重点实验室、浙江省船舶工程重点实验室、浙江省水产品加工技术研究重点实验室、浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室、东海海洋生物种质资源发掘浙江省工程实验室)，1个省部级服务平台(浙江省海洋科技创新服务平台)，8个省部级研究中心(中国海洋文化研究中心、国家头足类水产品加工技术研发分中心、农业部渔业环境及水产品质量检验测试中心、江海通达新船型研发中心、浙江省海洋生物医用制品重点工程技术研究中心、浙江海洋药物研究中心、浙江省海洋增养殖工程技术研究中心、浙江省船舶先进制造技术研发中心)，2个省部级监测站(农业部重点渔场渔业资源科学观测实验站、东海区渔业资源动态监测网浙江省监测站)和1个省部级研究基地(浙江省非物质文化遗产研究基地)。开设浙江省远洋渔业培训中心、中国石化销售公司舟山培训中心等20余个科研组织和培训机构。