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2001年5月，新校区校园总体规划方案通过评审。规划创建功能分区合理的校园总体布局和融建筑、空间、园林绿化及自然环境于一体，校园文化气氛浓郁的开放型、旅游型、现代化的绿色大学。6月6日，新校区一期工程开工建设。

2002年10月8日，一期工程竣工启用。

2003年，学院出台《浙江林学院学校定位与中长期发展规划纲要（2003-2020）》。

2010年，全国高等学校设置评议委员会第五届第四次会议于1月18号开始在广西南宁广西艺术学院行。1月20日下午举行的议程是针对本科高校升格更名为大学进行投票，浙江林学院高票获通过，正式升格为浙江农林大学。

2010年6月6日，浙江林学院正式更名为浙江农林大学，这也是浙江省唯一以农林学科为特色的多科性大学。省委书记、省人大常委会主任赵洪祝，省长吕祖善分别发来贺信。浙江省政协主席周国富为学校揭牌，省委常委、副省长葛慧君致辞，省人大常委会副主任程渭山出席揭牌庆典大会。

2012年，浙江农林大学申报的“竹资源与高效利用人才培养项目”被国务院学位委员会批准为服务国家特殊需求博士人才培养项目，这标志着浙江农林大学已具有博士生招生权和博士学位授予权，可授予博士学位的学科为林学。