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2004年，国家教育部指定中山大学对口支援吉首大学。吉首大学开始加速发展。

2006年6月，湘西自治州人民医院成为吉首大学第一附属医院。

2006年，在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。

2008年，国家教育部指定中南大学、中山大学对口支援吉首大学。

2010年，在湖南省研究生培养过程质量评估中获得优秀。

2011年，成为国家武陵山片区区域发展与扶贫攻坚战略重点支持大学。

2012年，吉首大学成为国家中西部高校基础能力建设工程(小211工程)重点建设大学。同年，成为教育部第一批“卓越医生教育培养计划”试点大学，承担国家首批“服务国家特殊需求博士人才培养项目”。

2013年，吉首大学开始招收博士研究生。

2013年6月，湘西州民族中医院成为吉首大学附属中医院。

学校现有教职员工2000余人，专任教师1800余人;教授296人，副教授705人，博士生导师27人，硕士生导师352人。有享受国务院政府特殊津贴专家15人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选5人，湖南省“百人计划”人选2人，“湖南省新世纪121人才工程”人选22人，湖南省教学名师4人，省级学科带头人19人，省级青年骨干教师106人;有全国先进工作者1人，全国优秀教师8人、全国模范教师1人，全国师德先进个人1人;有国家级教学团队1个，省级优秀教学团队3个，省级科技创新团队3个。