石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、国家西部重点建设高校和省部共建高校，是“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）入选高校。2018年，入选“部兵合建”高校，纳入教育部直属高校排序。
学校前身诞生于1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中，1996年4月由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建。
学校始终坚持“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位，坚持“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，坚持“以兵团精神育人，为屯垦戍边服务”的办学特色，成为屯垦戍边、建设边疆的重要力量。
学校现有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理、艺术等11大学科门类。拥有8个一级学科博士学位授权点，26个一级学科硕士学位授权点，16种硕士专业学位授权类型，92个本科专业，3个博士后流动站（科研工作站）。学校入选国家“双一流”建设一流学科建设高校，现有国家一流建设学科1个，国家级重点学科1个，自治区重点学科10个。有国家级教学团队3个、教学名师1人，国家级精品课程4门、特色专业建设项目5个、卓越人才培养计划项目试点专业6个、实验教学示范中心1个、双语教学示范课程1门，教育部精品视频公开课3门，国家级精品资源共享课2门，国家大学生创新创业训练计划项目576项。学校设有国家大学生文化素质教育基地、校外实践教育基地，是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校。
学校坚持走产学研一体化道路，发挥大综合、强应用的学科优势，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、兵团经济社会发展”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。近年来，主持国家“973计划”项目2项、国家“863计划”课题4项、国家科技支撑计划项目6项、国家哲学社会科学重大招标项目7项，取得科研成果300余项，获省部级以上奖励200余项。学校现有国家国际科技合作基地3个，省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部重点实验室2个，教育部工程中心2个，国家地方联合工程研究中心1个、国家地方联合工程实验室2个，国家大学科技园1个，国家新农村发展研究院1个，农业部重点实验室1个，兵团重点实验室4个，兵团工程技术研究中心3个，兵团协同创新中心4个。自治区教育厅重点实验室4个，自治区和兵团文科重点研究基地4个。
