安徽医科大学前身是创办于1926年5月的上海东南医学院。1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省，成为安徽省第一所高等医科院校。1952年改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。学校位于安徽省会合肥市，占地72万余平方米，建筑总面积70余万平方米。
学校坚持规模、结构、质量、效益协调发展，教育质量不断提高。学校的办学定位是建设高水平的教学研究型医科大学。学校将现代著名教育家蔡元培先生为学校前身东南医学院师生的题词“好学力行，造就良医”确立为校训，弘扬“爱国爱民，献身人类健康”的光荣传统，秉承“兴国、奉献、仁爱”的育人理念，倡导践行“求真、求精、求新”的校风学风。
学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、卫生管理学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）等25个直属教学机构。
学校拥有4所直属附属医院（第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属口腔医院——安徽省口腔医院）、4所非直属附属医院（附属省立医院、第三附属医院——合肥市第一人民医院、附属安庆医院——安庆市立医院、附属六安医院——六安市人民医院）。坚持开放、合作、共赢的方针，与中国人民解放军军事医学科学院建立战略合作伙伴关系，并在解放军北京军区总医院、空军总医院、海军总医院、306医院、307医院、新疆自治区人民医院等建立临床学院，目前临床学院达39所，各专业实践教学基地100余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省市区。
学校设有临床医学（七年制）和临床医学（五年制）、口腔医学、预防医学、生物技术、护理学、卫生事业管理、药学、中药学、医事法学、食品质量与安全等29个本科专业（方向）。拥有8个博士科学学位授权学科（药理学、皮肤病与性病学、老年医学、流行病与卫生统计学、免疫学、内科学、神经病学、儿少卫生与妇幼保健学），1个临床医学博士专业学位授予点、5个一级学科硕士学位授权学科、64个硕士学位授权学科。建立了药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。拥有皮肤病与性病学国家重点学科和19个省级重点学科；27个省级临床医学重点学科和重点扶持学科；建有2个教育部省部共建重点实验室、13个中央（财政部）与地方共建实验室，19个省级以上（重点）实验室（工程技术中心、科技公共服务平台），是国家药品临床研究基地。有2个安徽省科技创新团队，1个安徽拾115”科技产业创新团队。《流行病学》、《临床药理学》课程被评为国家级精品课程，预防医学、药学、临床医学专业获批为国家级高等学校特色专业建设点，临床药理学教学团队被评为国家级教学团队。获得国家级教学成果二等奖一项。