1955年，安徽省合肥卫生学校开始筹建。
1969年1月，安徽省合肥卫生学校下放到巢湖，易名为“安徽省巢湖卫生学校”。
1974年9月5日，成立安徽省卫生干部进修学校。
1978年7月25日，恢复合肥卫生学校。
1990年6月2日，安徽省教育委员会同意我校与省卫生厅合作暂设成人教育大专层次的临床医学、检验两个专业，试行建立省直职工大学医学部。
1992年4月25日，安徽省卫生厅同意成立“安徽省卫生职工培训中心”，挂靠在省卫生干校。
1993年8月31日，安徽省人民政府同意建立“安徽职工医学院”。
1995年10月24日，卫生部科技教育司同意建立“安徽职工医学院”。
1999~2002年与安徽医科大学、蚌埠医学院等普通高校合作举办普通医学高等专科学历教育。
2001年6月26日，安徽省人民政府同意在安徽省合肥卫生学校、安徽省卫生干部进修学校基础上设置安徽卫生职业技术学院。
2002年3月21日，国家教育部同意建立安徽医学高等专科学校。
2003年11月10日，安徽省卫生厅成立安徽省全科医学培训中心，挂靠在安徽医学高等专科学校。
学术研究科研成果截至2014年，该校获准立项省厅级以上科研课题130项，发表论文789篇，其中SCI论文13篇。获批1项国家教学成果奖，18项获省级教学成果奖立项。
学术资源学术刊物
《安徽医学高等专科学校学报》是安徽医学高等专科学校主办的综合性学术期刊，是全国优秀学报。主要刊发高职教育教学改革研究及其他社会科学研究和自然科学研究的学术论文。
馆藏资源
截至2014年，该校图书馆馆藏纸质图书60余万册，各类型 电子资源存储量共计为10个T。其中中外文电子图书106.5万册；中文电子期刊有中国知网期刊全文数据库及博硕学位论文全文数据库、外文期刊施普林格全文数据库；医学视频3000余专辑；涵盖英语、计算机、公务员、司法、会计、考研等试题的模拟考试系统；用于内部教学使用的高等教育素材库，资源总量超过10万种；共享有超星电子图书和万方数字化期刊全文数据库。
办学规模院系专业截至2014年，该校设有临床医学系 、医学技术系 、基础部、口腔医学系 、公共卫生与卫生管理系、药学系及护理系。开办14个专科专业。
生化与药品生物制药技术、药品经营与管理制造医疗电子工程财经医疗保险实务医药卫生临床医学、口腔医学、护理、助产、药学、医学检验技术、眼视光技术、康复治疗技术、卫生信息管理、公共卫生管理师资力量截至2014年，该校有412名在岗教职工，专任教师中具有硕士及以上学位的占50.3%，教授18人，副高级专业技术资格71人，省级专业带头人14人。另有一支由医疗卫生机构和医药企业等专家技术能手组成稳定的兼职教师队伍。