南京大学基础学科教育学院是1998年在基础学科教学强化部的基础上成立的，而基础学科教学强化部则是基于原国家教委关于保护和加强基础学科的指导精神成立于1989年。强化部实施“以重点学科为依托，按学科群打基础，以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”的模式，培养立志献身基础学科研究和教育事业的优秀人才。
目前，匡亚明学院中强化部学生和数学基地的部分学生单独提前招收录取，天文、中文、历史、哲学基地班在统一招生中直接录取，其他学科(基地) (包括物理、化学、生物、地质、地理、大气和数学(部分))的学生在入学后二次招收。
匡亚明学院将继承匡校长创新，创造，求实，超越的教育思想，探索适合南京大学学科特点的通识教育模式和在通识教育基础上的个性化人才培养体系，在实施研究型教学等方面积极实践，努力培养出一流的创新型人才。
发展历程
少年部
1985年: 南京大学少年部成立, 开始在全国范围内招收少年大学生。少年大学生在少年部学习2年，不分文理和专业，三年级开始确定专业，分流到全校各院系学习。
基础学科教学强化部
1989年: 南京大学基础学科教学强化部成立，89年强化部同时招收理科班和文科班，同年还招收了最后一届少年班学生。文科强化班在招收89一届学生后中断招生，理科通过推荐和选拔单独提前招生至今。强化部发展了一套“以重点学科为依托，按学科群打基础，以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”大理科培养模式和“多次选择，逐步到位”的学科分流机制。1993年，南京大学基础学科教学强化部成为国家理科基础人才培养基地唯一的“多学科综合点（大理科试验班）。教改项目《基础性人才培养基地的建设》被评为国家级优秀教学成果一等奖。
文科强化班
1995年:在南京大学中文系成立文科强化班，试行文史哲贯通的教学计划。 95、96两个年级的文科强化班从文史哲三系大一选拔学生组班， 97级文科强化班面向全省重点中学通过推荐和选拔考试招生。
基础学科教育学院
1998年4月:为了进一步推广强化部的办学模式，作为南京大学在教学改革方面迈出的新的重要的一步，南京大学组建了基础学科教育学院。南京大学基础学科教育学院的成立是培养跨世纪基础性人才实施的一项重要举措。基础学科教育学院涵盖数理、化生、地科等各基础理科学科方向，全校七个国家理科基地（物理、化学、天文、生命科学、地质、地理、大理科）大气校内基地、材料系的一、二年级学生在基础学院内实施按照学科群组织基础教学，造成了一种有利于学科交叉的学术氛围，同时充分发挥了我校基础学科的整体优势，为新一代创造性人才的成长提供了良好的培养环境。同时在各相关院系的共同努力下，在大理科的平台上实施多种人才的分流培养，造就新时代所要求的人才群体。基础学科教育学院从97级学生开始实际实施，同年中文系文科强化班从96级起并入基础学科教学强化部。