学院现有5系，即科学技术史与科技管理学系、法律系、社会学系、旅游管理系、文学艺术系。此外，思想政治理论课教研部下设马克思主义基本原理、近现代史与当代政治两个教研室，负责全校思想政治理论课的教学工作。学院拥有4个本科专业（社会学、旅游管理、公共事业管理、法学），1个一级学科博士后流动站（科学技术史）、1个一级学科博士学科点（科学技术史）、7个硕士学科点（科学技术史、科学技术哲学、专门史、社会学、经济法学、马克思主义基本原理、思想政治教育）及MPA（科技文化事业管理）和农业推广（农村社会事业管理、农村科技与文化发展）两个专业硕士培育点，形成了以科学技术史学科为龙头，文、史、哲、管、法多学科协调发展，博士、硕士和本科多层次办学的格局。
在科学研究方面，学院设有中华农业文明研究院，下设中国农业遗产研究所、科技与社会发展研究所、生态环境史研究中心、中国农业考古研究中心、农村社会发展研究中心、农村发展研究中心、农业文化与乡村旅游研究中心、农业与农村法治研究中心、中国农业遗产数字化研发中心等研究机构。建设和管理着“南京农业大学中华农业文明博物馆”、“中华农业文明网”、“人文网”、“思政教研网”和“中国乡村旅游网”。此外，还设有《中国农史》杂志社，出版国家核心期刊《中国农史》，发行世界十多个国家和地区，在国内外具有广泛的影响。
全院现有教职工近101人。其中教授11人、副教授29人、讲师34人；具有博士学位者20人、硕士学位者43人。目前在校生1102人，其中博士生29人、硕士生108人。院图书分馆拥有藏书10万余册、期刊400种，此外还配有美术室、琴房、多媒体音乐室等教学设施。
经过多年的辛勤耕耘，人文社会科学学院在人才培养和科学研究方面取得了显著的成绩。“十五”期间，承担部、省级以上研究项目20多项，其它各级各类科研课题30项，出版专著30部，发表论文400余篇，其中：《中国农业技术史稿》获农业部科技进步一等奖、国家优秀科技著作三等奖；《〈齐民要术〉校释》获首届国家教委人文社会科学优秀成果二等奖、中国优秀图书二等奖；《中国大豆栽培史》获亚太图书荣誉奖；3种专著被译成日文在日本出版。
学院一直非常重视学术交流工作，目前是中国科学技术史学会农学史专业委员会、中国农业历史学会畜牧兽医史专业委员会和江苏省农史研究会的挂靠单位。在国际学术交流方面，先后与英、美、法、日、韩、加、荷等国家及港台地区的农史研究机构和学者建立了长期的学术交流与合作关系，与韩国农史学会联合组建了“中韩文化交流中心”，与日本相关机构联合组建了“中日农史比较研究中心”。