南通师范高等专科学校的前身是清末甲午科状元、中国近代著名政治活动家、实业家、教育家、爱国主义者张謇抱着“教育救国”、“师范为教育之母”的信念于1902年（清光绪二十八年）创建的中国第一所独立设置的中等师范学校——通州民立师范学校。
通州民立师范学校与南洋公学师范院、京师大学堂师范馆一起被世人公认为中国师范教育肇端的三大源头。1953年转为公立，改名为江苏省南通师范学 校；1958年与创办于1906年的南通女子师范学校合并；2005年4月，经江苏省教育厅和南通市人民政府批准，与发端于1906年的江苏省海门师范学 校合并升格为南通高等师范学校，并增挂江苏教育学院南通分院校牌。学校具有111
年的办学历史且体系完备，在中国师范教育史上有着重要的地位。
1948年在全国首创了五年制师范的学制，是同类学校中唯一的教育部小学语文骨干教师国家级培训基地，2007年率先进行五年制师范生免费定向培养实验。中共中央第三代领导核心、原国家主席江泽民同志在校欣然挥毫题词“成才报国”。中央政治局委员、国务委员刘延东同志寄语师范生“树立远大理想，做中国特色社会主义可靠的接班人、合格的建设者，保证老一辈所开创的事业，一代一代传下去，把我们伟大的祖国建设得更好，实现我们中华民族的伟大复兴。”
2014年1月12日，南通高等师范学校升格为南通师范高等专科学校。这是继1902年张謇创办通州民立师范学校以来具有划时代意义的里程碑。