上海财经大学会计学院是全国著名的会计系院之一，也是上海财经大学前身国立上海商学院成立最早的系科之一，迄今已有近百年的历史。该学院源于1917年南京高等师范学校创办的商科，著名社会活动家、爱国民主人士杨杏佛任商科主任。1921年，南京高等师范学校创办的商科东迁上海，成立上海商科大学。从1927年7月国立东南大学分设上海商科大学改组为国立第四中山大学商学院，到1928年5月更名为国立中央大学商学院期间，时任院长的程振基先生就是专门教授簿记、会计学等课程。在上海商科大学的基础上，1932年8月独立建校，定名为国立上海商学院，时为国内唯一的国立商科类本科高校。而会计系就是其下设置的五个系科之一。曾于1946年6月至1949年4月期间，任国立上海商学院院长的朱国璋教授也是一位会计学家。朱国璋主院期间，提出了“严格训练，树立制度，开诚布公，师生合作”的办学四项原则和“理论实务两相兼顾”的教学方针，不仅有效地推动了当时上海商学院的独立发展，而且对今天上海财经大学的改革与发展，依然有着深刻的启迪。当时在国立上海商学院任教的我国现代会计创始人之一的安绍芸教授为我国培养了一大批包括娄尔行、杨纪琬等在内的我国会计界精英，在新中国成立后，他担任了财政部会计制度司司长，主持设计全国统一的会计制度。1950年8月，上海商学院改名为上海财政经济学院。20世纪50年代初期，上海法学院和光华大学中的会计学科、上海交通大学的财务管理系先后并入上海财政经济学院，在全国高校院系调整中，华东地区10余所大学的会计学科都并入上海财政经济学院的财务会计系。1954年起改称会计系，下设会计学专业、工业会计专门化方向。1955年至1957年期间增加了贸易会计专门化方向。上海财政经济学院遂成为华东地区唯一的财经类高等学校，云集了李鸿寿、龚清浩、许本怡、娄尔行等会计学科著名教授。
学科建设1978年复校后，每年招收会计学专业本科生。1989年与上海外国语大学合作开设国际会计专业，2002年，将其纳入学校中外合作本科招生计划（现美国会计班）。1989年，上海财经大学成为全国第一批招收财务管理专业本科生的高校，现每届招收二个班。1994年起，与英国特许公认会计师公会（ACCA）及英国牛津布鲁克斯（Oxford Brookes）大学等机构合作，开设国际会计专业ACCA方向本科班。1994年，为加快注册会计师专门人才的培养，国家财政部在全国22所高等院校开设了注册会计师专业方向，该院是最早设置该专业的高校之一。从2001年开始，加拿大注册会计师公会（CGA）与学院共同培养国际会计中外合作CGA方向本科生。