拥有药学和中药学一级学科硕士点、中药学专业学位硕士点、二级学科博士点。2003年成立温州医学院基础课（分析测试）实验教学示范中心，并在2007年被评为浙江省实验教学示范中心，2010年药学实验教学中心被评为浙江省实验教学示范中心。2005年建立国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地。2006年分别建立基因工程药物国家工程研究中心中试研究基地、教育部生物反应器与药物开发工程研究中心中试实验室、浙江省浙南特色中药重点实验室；承担中国医药质量管理协会GAP工作委员会的工作；2007年成立浙江省生物技术制药工程重点实验室。2008年药理学与生化药学被列为浙江省“重中之重”学科，中药学学科被评为温州市重点学科。三年来，荣获国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖1项、中华医学科技一等奖1项、中国药学会科技一等奖1项、吴阶平医学研究奖-保罗杨森药学研究奖二等奖1项。
学院始终立足“以教学为本”,取得丰硕成果：2010年药学专业被评为国家特色专业；1门课程被评为国家精品课程，4门课程被列为浙江省精品课程；浙江省教学成果一等奖1项、浙江省教学团队1个；浙江省教学名师2名、浙江省教坛新秀2名；浙江省教学示范中心2个；浙江省高校重点建设教材3部。指导学生先后获得大学生“挑战杯”比赛国家二等奖、浙江省特等奖、一等奖等各项荣誉。
学院规模温州医科大学药学院设立药学系、中药学系、制药工程系、分析测试中心、药学实验中心和执业药师培训与继续教育中心。现招收药学专业、中药学专业、制药工程专业本科生，药理学和中药学两个专业硕士生和药学专升本、药学自考生。
学院现有教师86人，其中高级职称31位；博士22位，硕士47位；博士生导师3人，硕士生导师30人。拥有“长江学者”特聘教授1人、教育部新世纪优秀人才1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人、国家“千人计划”入选1人、“钱江学者”1人、浙江省特聘教授1人、浙江省海外特聘专家1人、国家教学指导委员会药学专业分委员会委员1人、浙江省教学指导委员会委员2人、浙江省“千人计划”2人、浙江省“151”、温州市“551”各层次人选、省优秀博士后、中青年学科带头人、浙江省卫生高层次创新人才等20人。近几年我们大力引进高素质师资，重视青年教师培养，常年聘请国内外药学知名专家组成专家咨询委员会，精心培养在职教学和科研骨干教师，已初步形成一支结构合理、水平较高的人才队伍。
学院拥有核磁共振（600MHz）、液-质联用、气-质联用、高压液相色谱仪、气相色谱仪、中压制备色谱仪、紫外可见分光光度计、HPLC电化学检测器等20多种大型的科研教学设备和各种科研教学仪器，总值1500多万。