温州医科大学体育科学学院是 温州医科大学下属的 二级学院，成立于2007年7月，与温州医科大学体育部合署办公，下设运动人体科学系、大球教研室、小球教研室、体操教研室、综合教研室，公体教学中心、群体中心、竞赛与训练中心、科研与体质测试中心、场馆服务中心，承担着学校体育教学、群体、竞赛、训练、服务及运动人体科学专业建设等工作。目前学院有教职工41名，教授2名、副教授7名，博士2名，浙江省“151”人才工程培养人员第三层次1名，温州市“551”人才工程培养第二层次人员2名、第三层次2名，拥有国家级裁判和国家级指导员6名，师资结构合理，层次分明，为学院的发展奠定坚实的基础。
教学科研温州医科大学体育科学学院全面贯彻党的体育教育方针和政策，积极推行体育教学改革，大力开展全民健身活动，在体育教学、运动竞赛和运动人体科学专业人才培养等方面进行了积极地探索，为学校培养德、智、体全面发展的高素质人才做出了应有的贡献。学校于1993年和2002年先后承办第八届、第十一届浙江省大学生运动会，取得了圆满的成功，温州医科大学运动员在历届省大运会上曾获得多项优异成绩。2004年学校获得“浙江省高等学校体育”贡献奖；2007年在《浙江省高校贯彻体育工作条例》评估中获得优秀。2006年体育科学学院被温州市评为“创建学习型组织”先进班组；2010年被评为校“三育人”先进集体；2011被评为校“就业工作”先进集体。目前学院拥有设施齐全的体育场馆10余万平方米和投资300余万建立的运动人体科学教学实验中心。教研相长是促进学院教学水平、科研实力提升的有力手段。学院教师在“十一五”期间共承担国家科技部课题2项、省部级科研课题3项、市厅级科研课题20余项；在国内学术期刊发表学术论文近200余篇，其中核心期刊发表30余篇，并有一批学术论文入选国内外学术论文报告会进行学术交流，受到同行专家学者肯定。学院在“十二五”期间大力发展公共体育教育，积极扶持运动人体科学专业，形成公共体育教学与专业教学相辅相成、相互促进的良好局面。