自动化工程学院是烟台南山学院成立最早的工科类学院之一，下设控制工程、电气工程、电工电子、热能动力四个教研室，开设自动化、信息显示与光电技术、电气工程及其自动化三个本科专业，生产过程自动化技术、电气自动化技术、电厂热能动力装置三个专科专业，涵盖统招本专科、双证本专科、自学考试本专科、成人教育本专科等教育层次，现有全日制在校生2000余人。 学院师资力量雄厚。现有专任教师55名，其中教授6名，副教授7名，高级工程师9名，讲师10名，工程师6名，硕士研究生以上学历教师近70%。学院教师学识渊博、业务精湛，在省和国家级刊物发表学术论文120余篇，被SCI、EI检索12篇，出版专著5部，编写教材9部，为不断提高教育教学和人才培养质量提供了坚实保障。
学院教学设施一流。现有电工技术、模拟电路、数字电路、PLC、自动检测技术、电视技术、电机拖动、自动控制、单片机、电子设计自动化（EDA）、交直流调速、过程控制、制冷与空调技术、电工技能训练等实验实训室30多个，充分满足了学生技能训练和科技研发的需要。
学院办学特色鲜明。以高技能、应用型人才培养为目标，以校企合作、工学结合、产学研一体为实施途径，建立了以能力为核心的人才培养系统工程。学院专业建设与企业需求紧密结合，及时根据企业新技术、新工艺的发展要求调整专业方向。加快推进课程内容、教学方法和手段的改革和创新，大幅增加实践教学比重，使课程建设融合职业资格标准，突出职业综合能力培养。实施双证书教育，本科学生按照“工程+技术型”要求，把取得“高级技工/技师证书”作为获得学历、学位证书的前提条件；专科学生按照“技术+技能型”要求，把取得“中级/高级技工证书”或“助理师”证书作为获得学历的前提条件，把职业资格证书的考试内容纳入教学计划，保证了每名学生均能取得相应的职业资格证书。学院注重因材施教，实行专业导师制，从学生入学开始，指导和帮助学生设计职业生涯规划，充分发挥学生成才的主动性、积极性。我院扎实推进校企合作，皇明太阳能集团、南山电厂在我院设立了冠名班，南山集团、烟台莱福士船厂、魏桥创业集团、山东晨鸣纸业、青岛北海造船厂、邯郸钢管厂等知名企业成为我院稳定的实习和就业基地。
学院教学效果显著。电路基础是校级精品课程，电机与电力拖动、自动检测技术与仪表、电气控制与PLC、自动控制原理等课程已列入精品课程建设计划。2009年，我院参加硕士研究生考试的同学有50%考取了天津理工大学、南京工业大学、西南交通大学、南京邮电大学等著名高校。在各项科技技能竞赛中，我院学生获得第一届南山杯技能大赛一等奖一次、二等奖一次，第二届南山杯技能大赛三等奖一次，山东省数学建模竞赛二等奖一次、三等奖两次，全国英语口语大赛非专业组一等奖一次。我院学生自导自拍的电影《梦客帝国》获山东省高校第四届宿舍文化展原创一等奖。