水利科学与工程学院已有半个多世纪的办学历史，现有水利水电工程、农业水利工程、水文与水资源工程3 个本科专业，拥有水利水电工程和农业水土工程2个博士学位授予点，水利水电工程、农业水土工程、水力学及河流动力学、水工结构工程、水文学及水资源等5个硕士学位授予点和水利工程领域专业硕士学位点。
师资队伍学院拥有一支开拓进取精神强、学术造诣深的师资队伍。专业教师中，教授10人，副教授24人，博士生、硕士生导师22人，享受政府特殊津贴专家4人，有突出贡献的中青年专家3人，江苏省“333”工程培养对象3人，江苏省青蓝工程学术带头人1人，省优秀青年骨干教师4人。此外，学院还聘请了50多位国内外知名学者、工程专家担任兼职教师。数十年来，学院已培养了研究生、本专科生26000余人。现有全日制在校本科生近600人，在校博士、硕士研究生160余人。
学院荣誉学院坚持以教学科研为中心，加强学科建设和专业建设，不断深化教育教学改革， 努力培养品德好、素质高、基础宽、能力强的应用型人才，大力开展素质教育，着力培养学生的创新能力，强化教学管理和质量监控，教学质量稳步提高，学生多次在国家级、省级竞赛中获奖。学院现有省级重点学科、省级重点实验室各1个，水利水电工程专业为江苏省品牌专业，农业水利工程专业为江苏省品牌专业建设点，有省级优秀课程5门，拥有稳定的校内外实习基地18个。学院设有江苏机电排灌工程研究所、江苏水利工程研究所和扬州大学水资源高效利用与管理研究所。近年来，新增各级科研课题300多项，其中国家“十五”重大技术装备研制计划项目、“十一五”科技支撑计划项目、国家自然科学基金项目等国家级项目30余项，多项科研成果达到了国际先进、国内领先的水平，并获得江苏省和水利部科技进步一、二、三等奖近20项。
学院加强国际交流与合作。曾培养了越南留学生。先后派学者赴澳大利亚、美国、意大利、日本、英国、法国、荷兰等十多个国家和地区进修或合作科研，接受美国、英国、俄罗斯、日本等国家的专家来院考察和进行学术交流。
办学环境学院所在的江阳路南校区环境幽雅，图书馆、体育场馆、实验室等教学设施完善。校区图书馆藏书近60万册。工程馆装备一批具有国际、国内先进水平的教学和科研仪器设备。学院学生除享受国家奖助学金、江苏省政府奖助学金、优秀学生奖学金外，社会各界人士还为学院学生设立了朱敬文奖助学金、刘毓藻水利科学技术奖学金、虹源奖助学金等。自1984年以来学院多次获省级文明单位称号，并被评为全国水利系统先进单位，省级校风建设成绩显著单位和省普通学校党建思想政治工作先进单位等。